Scully e Mulder cercano una cura per la malattia di Emily.

Riassunto:
      Come visto nell'episodio 5X06, Scully è venuta a conoscenza di essere la madre biologica della bambina di tre anni Emily Sim. Scully ha un incubo nel quale scopre che la sua croce d'oro giace per terra mentre una tempesta di sabbia infuria attorno a lei. Lentamente, anche lei, si trasforma in sabbia e si dissolve nel nulla.
      Mulder va a San Diego presso il Centro dei Bambini della Contea, dove Scully veglia su Emily. Scully dice a Mulder di aver bisogno che lui testimoni a suo favore all'udienza per la custodia della bambina. Mulder informa la sua partner che Frohike ha avuto accesso al database del Servizio Sociale di Adozione della California. E' venuto fuori che la madre di Emily di è una certa Anna Fugazzi (un termine gergale che sta per "fasullo"). Avverte Scully che gli uomini dietro alla cospirazione faranno qualche cosa per proteggere Emily - incluso mette in pericolo la custodia di Scully della ragazza. Durante l'udienza per la custodia Mulder introduce un file che documenta la scomparsa di Scully anni prima. Afferma che Emily Sim è stata concepito attraverso un esperimento scientifico. Malgrado questo, insiste che Scully è la madre di Emily.
      Scully riceve un'altra telefonata misteriosa. Il rintracciamento rivela che è stata fatta dal Centro dei Bambini della Contea. Quando gli agenti arrivano sul posto, scoprono una spessa, fibrosa ciste dietro il collo di Emily. Mentre un dottore preleva un campione della ciste per la biopsia, improvvisamente esce del fluido verde ribollente. Il dottore viene sopraffatto dai fumi e ricoverato all'ospedale. Dopo, il dott. Calderon rifiuta di trasferire i dati medici di Emily al Centro dei Bambini. Un adirato Mulder assale fisicamente Calderon e lo avverte che se non produce l'archivio, può aspettare di più da lui. Dopo, Calderon avvicina i due uomini vestiti di scuro presso la casa di Convalescenza Dimsdale. Gli uomini comprendono che Mulder ha pedinato Calderon fino all'edificio. Uccidono Calderon usando un punteruolo alieno, e quindi assumono le sue sembianze. Uno dei "dott. Calderons" va al Centro dei Bambini ed inietta ad Emily un fluido verdastro. Una Scully stupita insegue "Calderon" attraverso l'ospedale. Ma nel tempo impiegato ad arrivare fino a lui, lo straniero si è trasformato in un estraneo. Mulder e Scully parlano da telefono. Mulder sospetta che il fluido iniettato ad Emily non le causerà alcun danno, in quanto i cospiratori la vogliono viva ... per ignote ragioni.
      Mulder si reca alla casa di riposo Dimsdale. Là scopre le prove che le donne anziane ivi residenti - inclusa Anna Fugazzi - erano tutte sottoposte ad iniezioni di ormoni. Frohike scopre le prove che tutte le donne anziane hanno partorito solo pochi anni prima.
      Emily continua ad essere sotto terapie ed esami medici di tutti generi, ma le sue condizioni peggiorano solamente. Ad un certo punto viene messa all'interno di una camera pressurizzata. Improvvisamente, una creatura simile ad un serpente si muove sotto la sua pelle. Scully ordina di fermare l'esame. Mulder scopre dei cilindri contenenti embrioni umani vivi galleggianti in un fluido verdastro. Afferra tre ampolle di fluido verdastro e si dirige nell'atrio. Il detective Kresge improvvisamente si fa avanti, puntando una pistola alla testa di Mulder. Kresge toglie le ampolle dalla mano di Mulder. Improvvisamente, uno dei "Calderons" appare alla fine dell'atrio. Mulder recupera una delle ampolle e corre via, avvertendo Kresge di non sparare su "Calderon." Un confuso Kresge spara ciononostante, e viene sopraffatto dai fumi nocivi. Il "Calderon" alieno quindi si trasforma in Kresge e se ne va.
      Emily entra in coma e muore. Al funerale Scully dice a Mulder che c'è ancora una prova di quello che gli uomini facevano a Emily. Ma quando alza il coperchio della bara, scopre al suo interno una serie di piccoli sacchetti di sabbia (uno dei quali ha versato il suo contenuto sul fondo della bara). Scully recupera il suo crocifisso dell'oro, lo stesso che aveva dato ad Emily, dalla sabbia.