Un prete chiede aiuto a Scully quando una ragazza disabile muore di una misteriosa morte.

Riassunto:
      Padre McCue, il prete di famiglia che ha confortato Scully durante la sua lotta contro il cancro (vedi episodio 5X02), battezza Dara Kernof, un ragazza di sedici anni con gravemente ritardata mentalmente confinata su una sedia a rotelle. Più tardi quella notte, mentre un temporale infuria, Dara in qualche modo trova la forza nelle sue gambe e lascia casa sua. Il padre di Dara, Lance, capisce che sta accadendo qualcosa di strano e si reca fuori. Là vede Dara in mezzo alla strada con le braccia rivolte verso il cielo, inginocchiato davanti ad una Figura Oscura. Improvvisamente, balena un lampo, straordinariamente brillante. Quando Lance raggiunge sua figlia, comprende che è morta - i suoi occhi andati, come se fossero stati tolti con qualcosa di incandescente dalle loro sedi. La Figura Oscura, comunque, non si vede da nessuna parte.
      Padre McCue contatta Scully e le chiede aiuto per risolvere il mistero della morte della ragazza. Più tardi, Scully visita i Kernof, ed viene a sapere che Dara era stata adottata sei anni prima. La ragazza ha sofferto di gravi deformità spinali che l'hanno confinata su una sedia a rotelle per tutta la vita. Non c'è nessuno spiegazione di come Dara abbia potuto uscito di casa, sebbene Lance sia convinto di aver visto il Diavolo in piedi davanti a lei nella strada.
      Scully ed un patologo, Vicki Belon, esaminano il corpo di Dara. Belon nota le mani ed i piedi deformi, che hanno sei dita (le dita addizionali sono state rimosse chirurgicamente). Belon di malavoglia suggerisce che la ragazza sia stata uccisa da Dio, come se fosse un errore.
      Nel frattempo, un uomo di nome Padre Gregory visita un ospedale psichiatrico sperando di far visita ad una ragazza di nome Paula Koklos, la sorella gemella di Dara. Ma il suo proposito viene ostacolato da Aaron Starkey, un assistente sociale, che gli fa notare che la richiesta di adozione presentata dal prete manca della sua approvazione. Sconvolto, il prete lascia l'ospedale. Quella notte, un uomo entra nella stanza di Paula. Un intenso alone di luce circonda la figura e delle ali prendono forma sulla sua schiena. Il giorno dopo, Scully esamina il corpo di Paula, i cui occhi risultano mancare, inginocchiato in maniera molto simile a quella di Dara. Mulder si unisce alla sua partner e le rivela di aver localizzato l'atto di nascita di Dara, che mostra che che era una delle gemelli di un parto quadrigemino. Poco dopo, Starkey rivela che Paula stava per essere adottata da Gregory.
      Gli agenti vanno a far visita a Gregory presso la sua chiesa. Egli sostiene che stava cercando di proteggere Paula, allude ad una lotta in corso tra il bene ed il male per tutte anime. Più tardi, mentre esamina il corpo di Paula, Scully ha una visione di Emily.
      Mulder compie una ricerca più accuarta sui documenti di adozione. Scopre alcune informazioni su una terza sorella, che è entrata in un centro per crisi adolescenziali una settimana prima ed è apparentemente senzatetto. Con l'aiuto di Starkey, si reca presso un edificio abbandonato in una zona desolata della città. Ma la Figura Oscura, che questa volta sfoggia una orribile faccia da leone, trova la ragazza per prima. Mulder estrae la sua pistola e ordina ad una figura coperta dalle ombre di spostarsi in una zona luminosa. La figura si rivela essere Padre Gregory. Gregory si lamenta che sono arrivati troppo tardi, e hanno trovato la terza sorella morta.
      Mulder conclude che Gregory è il responsabile degli assassinii. Ma Gregory sostiene che stava cercando di salvare le anime delle ragazze dal Diavolo. Avverte che la quarta sorella deve essere localizzata prima che sia troppo tardi. Gli agenti escono dalla sala per gli interrogatori della polizia dove Gregory viene tenuto quando vengono alla luce delle nuove informazioni riguardanti quarta sorella, Roberta Dyer. Scully esorta Mulder a trovare la ragazza. Nel frattempo, Starkey entra nella sala per gli interrogatori dove è tenuto Gregory. Egli pretende che gli sia fornita l'ubicazione della quarta ragazza. Quando Gregory non risponde, viene bruciato vivo dal demone.
      Muldersi dirige verso la casa di George Dyer, il padre adottivo della quarta sorella. Dyer alla fine rivela che Padre Gregory ha portato via Roberta. Poco dopo, Scully viene avvicinata dalla Figura Oscura, la cui testa ruota, rivelando le facce di un leone, di un uccello rapace, e di un satiro. Sbalordita, Scully cerca Padre McCue per delle risposte. Egli spiega che la visione che ha avuto è un Serafino, un angelo disceso dal cielo e che ha generato quattro bambini con una donna mortale. Dio ha spedito il Serafno sulla terra per riportare le ragazze, che hanno le anime di angeli, in cielo in modo da impedire al Diavolo di reclamarle per sè.
      Più tardi, Starkey dice a Scully che la quarta ragazza si trova presso la chiesa di padre Gregory. Una volta all'interno della chiesa, Scully vede l'ombra di Starkey, che appare in forma di demone. Scully libera la ragazza da uno spazio angusto e tenta di dirigersi verso l'uscita sul retro. Un'accecante luce bianca appare improvvisamente, la fonte della quale è l'Oscura Figura misteriosa. La quarta ragazza si trasforma in Emily - ed implora Scully di lasciarla. Scully a malincuore lascia la mano della ragazza, che scompare nella luce. Quando la luce si affievolisce, rimane solo il corpo della ragazza, privo degli occhi. Più tardi, Scully dice a Mulder che avrebbero dovuto proteggere le regazze da Starkey, non da Padre Gregory. Lei crede inoltre che nessuno abbia ucciso le ragazze ... ma che ora siano in un luogo dove erano destinate ad essere. Conclude che l'incidente aveva a che fare con il lasciar andare ... Emily.