Mulder riesce ad entrare in una installazione segreta per la ricerca che potrebbe contenere la cura per la malattia di Scully. Nel frattempo, Scully compie un esperimento nel tentativo di determinare l'origine della malattia.

Riassunto:
      In un flashback, ventiquattro ore prima che l'Agente Scully dicesse alla commissione dell'FBI che il suo partner era morto (vedi l'episodio della stagione precedente 4X24). Mulder riceve una soffiata da Kritschgau che le loro conversazioni sono monitorate. Mulder guarda verso l'alto - e nota una fessura nel soffitto del suo appartamento. Corre al piano superiore, dove incontra Scott Ostelhoff nell'appartamento proprio sopra il suo, che sta dando fuoco a dei documenti. Ne consegue una lotta, durante la quale viene esploso un colpo.
      Mulder dice a Scully di aver ucciso Ostelhoff. L'informa inoltre che sui documenti che Ostelhoff stava tentando di distruggere era contenuta una lista di diciassette telefonate fatte all'operatore PBX del Bureau. Gli agenti comprendono che la loro agenzia è dietro alla copertura ... e che sono stati coinvolti in una cospirazione fin dall'inizio. Mulder suggerisce di creare a loro volta una menzogna nella speranza di scoprire la verità.
      Poco dopo, Scully va nell'appartamento di Mulder ed identifica il corpo senza faccia di Ostelhoff (il risultato di una ferita di fucile) come quello del suo partner. Più tardi, durante un incontro con Blevins e Skinner, le viene ordinato di comparire davanti ad una commissione dell'FBI. Dopo, Scully rintraccia il numero di telefono elencato nella carta bruciacchiata di Ostelhoff presso un ramo dell'FBI che include Skinner. Questo conduce Scully a concludere che Skinner possa essere una talpa. Nel frattempo, L'Uomo che Fuma espone al Sindacato i suoi dubbi sul rapporto riguardante la morte di Mulder.
      Mulder usa la carta di identificazione di Ostelhoff per infiltrarsi in DARPA, un'installazione segreta per la ricerca. Lì incontra Kritschgau, il quale gli spiega che la scheda gli darà accesso all'inetro edificio. Kritschgau, quindi, sostiene che lo scherzo in cui Muldr è stato trascinato, è iniziato nei primi giorni dopo la Seconda Guerra Mondiale, al tempo in cui i generali si disperavano per continuare ad alimentare l'economia della nazione attraverso il riforzamento militare. Nel 1947, Kritschgau afferma, il governo ha cominciato ad usare l'incidente di Roswell come una storia di copertura per distrarre i cittadini americani dalla verità - e da un programma top segreto che coinvolge il DNA. Rimpiange il fatto di aver convissuto con la menzogna ... finché suo figlio non è stato esposto ad un'arma biologica durante la Guerra del Golfo. Poco dopo, Kritschgau viene portato via da delle sentinelle. Mulder si da da fare per non essere scoperto e si incammina sempre più in profondità nel complesso di ricerca. Scopre una stanza contenente dozzine di corpi alieni, identici a quello che ha scoperto nella caverna di ghiaccio - dando validità alla storia di Kritschgau.
      Il dott. Vitagliano finisce il suo esame sul campione di ghiaccio portatogli da Scully. Le cellule contenute al suo interno, conclude, sono l'inizio di una nuova forma di vita. Scully decide di compiere un esame che coparerà il DNA dello strano organismo col suo. Prima di fare ciò, incontra Skinner, che le rivela che il rapporto di un patologo ha concluso che il corpo trovato nell'appartamento di Mulder non è il suo partner. Più tardi, l'esame del DNA tra i campioni combacia. Scully conclude che il suo cancro è stato causato dall'essere stata esposta deliberatamente all'organismo.
      Mulder intanto continua il suo viaggio all'interno dell'installazione, scopre magazzino - un "deposito di tutte le stanezze legate agli alieni e che L'Uomo che Fuma ha preso a Mulder negli anni." Là scopre uno schedario gigantesco, che contiene delle schede su Scully, Kritschgau, ed una scheda vuoto per Kritschgau, Jr. Scopre inoltre una fiala metallica - che potrebbe contenere la cura per la malattia di Scully.
      Scully compare davanti alla commissione dell'FBI e annuncia che esporrà il "meccanismo di inganni" che il suo partner, e lei, hanno scoperto all'interno delle bugie del governo. In quel momento informa ila commissione che il suo partner è morto la notte precedente dopo essersi sparato un colpo di fucile alla testa. Mentre comincia a presentare le prove scientifiche che sosterranno le sue affermazioni, viene colta improvvisamente da un malore. Nel frattempo, L'Uomo che Fuma, che lavora nell'ombra, predispone la fuga di Mulder dal complesso di ricerca. I Guerriri Solitari analizzano il contenuti della fiala ... e concludono che contiene solo acqua deionizzata.

      Continua ....