Neon Genesis Evangelion si apre nell'anno 2015; la Terra è quasi completamente sommersa, e come se non bastasse Neo-Tokyo 3 è sotto attacco da parte di misteriose creature chiamate Angeli. La NERV, un'organizzazione para-militare, usa dei mecha enormi, le Armi Multi-Funzione Evangelion (Eva), guidati da "Children" (ragazzi molto giovani e apparentemente normali che però riescono a sincronizzarsi con gli Evangelion). In realtà, nulla è quello che sembra: gli Eva, la NERV (e la SEELE, organizzazione segreta che la controlla), gli Angeli, l'incidente noto come "Second Impact" e molto altro sono coinvolti in una trama complessa e multisfaccettata, apparentemente dovuta al cosiddetto "Progetto per il Perfezionamento dell'Uomo", il cui scopo pare essere perfezionare l'umanità, angelo imperfetto, unificando tutti gli animi (ovviamente tramite perdita di At-field che mantiene la nostra consistenza fisica separata da quella del prossimo, distinguendo così se stessi dagli altri) in una sola cosa e quindi creando un essere perfetto e onniscente...

Il protagonista e principale punto di vista è Shinji Ikari, pilota di Eva e figlio del Comandante della NERV Gendo Ikari. Questo suo "lavoro" lo porterà in prima linea insieme agli altri piloti di Eva, e contemporaneamente lo porrà al centro degli eventi, fino a un finale in cui (secondo alcune interpretazioni) viene messo faccia a faccia con la scelta se consentire all'umanità di divenire Dio oppure no. In realtà il finale di Evangelion è molto più profondo di così. Shinji, grazie a sua madre e a Rei, ha la possibilità di scegliere ed egli sceglie un mondo dove non ci sia nessuno (ricordiamo gli episodi 25 e 26 che sono praticamente quel che oniricamente accade durante l'EndOfEva) così che nessuno possa ferire nessuno. Poi attravero il ragionamento con la sua stessa coscienza in terza persona o super-io (ovvero le parti altrui che la sua coscienza ha assimilato), riesce ad accettare la realtà e sopportare che si possa ferire e venire feriti, perché a cosa serve un mondo senza se stessi? Per questo, Shinji torna sulla terra, riappacificandosi coi suoi stessi sentimenti e con Rei, diventando quindi perfetto. Altri piloti di Eva sono l'enfant prodige krukko-giapponese Asuka Soryu Langley, il misterioso essere umano-artificiale Rei Ayanami, la testa calda Touji Suzuhara e l'angelo Kaworu Nagisa.