Mulder riceve un disco per computer criptato contenente i file top secret del Dipartimento della Difesa riguardanti la vita extraterrestre.

Riassunto:
      Un hacker di computer soprannominato Il Pensatore ottiene accesso ai file top secret del Dipartimento della Difesa riguardanti la vita extraterrestre. Questi consegna a Mulder i file su un disco per computer - contenente le informazioni che ufficiali governativi sono i responsabili della copertura degli UFO in tutti questi anni. L'entusiasmo iniziale di Mulder scema quando comprende che i file sono codificato in Navajo. Ma Scully promette di trovare un traduttore al più presto possibile. Quando Skinner interroga Mulder su delle voci riguardanti delle delicate informazioni in suo possesso, Mulder improvvisamente gli da un pugno. Mulder viene ripreso per il suo inesplicabile comportamento. Skinner più tardi informa Scully che la commissione disciplinare determinerà se Mulder dovrà essere congedato senza riabilitazione.
      L'Uomo che Fuma fa una visita inaspettata al padre di Mulder presso il Vigneto di Martha. Lo informa circa i file top secret finiti nelle mani del figlio. Il sig. Mulder si rende conto che il suo nome si trova su quegli archivi. Telefona a suo figlio e gli chiede di venire a casa. Più tardi, Scully entra nell'appartamento di Mulder quando non ottiene alcuna risposta alla sua porta. Improvvisamente, viene esploso un colpo d'arma da fuoco, che rompe una finestra. Scully riesce ad evitare il colpo.
      Quando Mulder arriva al Vigneto di Martha, suo padre parla in maniera criptica del suo lavoro per il Dipartimento di Stato. Prima di riuscire a spiegare la verità, Alex Krycek gli spara uccidendolo. Quando Scully viene a sapere dell'omicidio, incalza Mulder a lasciare il Vigneto di Martha in quanto le autorità sospettano lui per l'assassinio.
      Quando Mulder ritorna casa, è molto malato. Scully presta attenzione alla sua malattia. Nota fattorino sospetto che trasporta un canestro d'acqua nella cantina del palazzo.
      Mulder incontra Alex Krycek appostato fuori dal suo palazzo. Si lancia sull'agente gettandolo a terra ed estrae la sua pistola. Certa che Mulder stia per uccidere Krycek, Scully estrae la propria arma e colpisce Mulder al torace.
      Quando Mulder riprende conoscenza, si trova in una stanza di un motel alloggia nel Nuovo Messico, la sua ferita d'arma da fuoco è stata curata da Scully. Spiega che gli esami di laboratorio hanno rivelato che l'acqua nel palazzo di Mulder è stato contaminata con un potente allucinogeno, e questo spiega il comportamento aggressivo di Mulder.
      Un uomo indiano di nome Albert Hosteen comincia a tradurre i file cifrati del Dipartimento della Difesa. Spiega a Mulder come una tribù di indiani che una volta viveva nel Nuovo Messico sia scomparsa senza lasciare alcuna traccia. Il loro nome era Anasazi, che vuol diere Antico Straniero. Albert crede che siano stati rapiti da visitatori di un'altro pianeta. Il nipote di Albert, Eric conduce Mulder nel deserto. Là, Eric mostra all'agente un vagone merci ferroviario seppellito in una cava. All'interno del vagone ci sono dei cadaveri di quelli che sembrano essere degli esseri alieni. L'Uomo che Fuma chiama Mulder sul suo telefono cellulare. Afferma che è stato il padre di Mulder ad autorizzare il progetto. Ma Mulder afferma che smaschererà l'Uomo che Fuma.
      L'Uomo che Fuma rintraccia il luogo dove si trova Mulder rintracciando la fonte del segnale del telefono cellulare. Ma quando arriva nel deserto con un elicottero, Mulder non viene trovato. L'Uomo che Fuma ordina ai suoi uomini di distruggere il vagone merci.