Egadi-Perle nel Mediterraneo

Fin dal paleolitico superiore (10.000 a.C.), Favignana si è rivelata come sicuro rifugio per l'uomo, del quale, nel corso degli anni, sono state trovate evidenti tracce nei pressi delle grotte del faraglione e nella grotta del pozzo in zona S.Nicola.
La stessa zona ospitò, attorno l'VIII secolo a C., i fenici dei quali sono tuttora visibili grotte di abitazione e di uso funerario.
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I Cartaginesi verso l'anno 400 a.C. cominciarono l'invasione della Sicilia, interamente compiuta, fatta eccezione di Siracusa e Messina, capisaldi difesi dai Mamertini. E' assai probabile che i Cartaginesi siano venuti a formare anche una piccola colonia a Favignana, poiché essa, con Mozia, costituiva una specie di avanguardia della Sicilia. La disfatta dei Cartaginesi nella prima guerra punica (264-241 a.C.) lasciò un ricordo storico a Favignana. L'anno 250 a.C. il Senato cartaginese all'avviso dell'assedio del Lilibeo da parte dei Consoli C.A.Regolo e L.M.Vulso e gli sforzi del capitano Imileone per impedire ai romani l'ingresso in città, spedì soccorso di uomini e di frumento a mezzo di cinquanta navi al comando di Annibale. Questi diresse la flotta a Favignana e da questa isola a vele spiegate forzò il blocco del nemico che assediava il Lilibeo. Nel 246 a.C. la flotta cartaginese comandata da Annone era appostata presso l'isola di Hiera (Marettimo) per approfittare del vento e correre su Trapani per liberare l'esercito di Amilcare Barca bloccato sul monte Erice. In prossimità di Favignana la flotta cartaginese fu intercettata da quella romana e distrutta: la prima guerra punica ebbe fine con la pace conclusa nel 241 a.C. . Anche nella seconda guerra punica (219-201 a.C.) le acque di Favignana furono teatro di diverse battaglie e restò celebre il seno di Cala Rossa in Favignana per il ricovero offerto alle navi romane.
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Distrutta Cartagine, la Sicilia divenne provincia romana.
Durante l'impero romano e sotto la dominazione di imperatori tiranni, Favignana vide le sue prime carceri, le quali erano costituite da un sistema di caverne. A quell'epoca nessun fabbricato esisteva nell'isola (né ne esistettero sino al secolo XVII): i pochi abitanti vivevano nelle grotte come trogloditi.
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Nei secoli succesivi Favignana fu presidiata dai Saraceni che vi costruirono numerosi torri di avvistamento come quella sul monte S. Caterina (montagna Grossa) e quella sul porto (oramai distrutta). Nel XI secolo Ruggiero II trasformò le torri saracene in fortilizi e costrui la fortezza di S. Giacomo. Durante il regno di Aragona nel 1341 vennero impiantate a Favignana due tonnare: S. Leonardo nella zona dell'attuale tonnara e S. Nicolò. Nel 1637 la Corona spagnola fu costretta a cedere le isole Egadi ad un nobile genovese come corrispettivo di un notevole prestito alle finanze locali, il marchese Camillo Pallavicini. E proprio dai suoi discendenti che Ignazio Florio acquistò le isole Egadi per farle entrare nella leggenda della florida "Età dei Florio".