Bisogna innanzitutto precisare che l'approccio teorico verso la medicina da parte dei medici non è da considerare così automatico come avviene nei nostri giorni: la medicina, sia in epoca romana che nel periodo medievale, era una pratica informale e non istituzionalizzata, ed il movimento, a partire dall'XI secolo, teso a ristabilire la preminenza della teoria medica, fu in gran parte un fenomeno che interessava una élite culturale, individuabile nei medici universitari: la complessa teoria galenica e le sue elaborazioni da parte dei medici e filosofi arabi prima e dai medici universitari poi era di poco aiuto al medico pratico, che invece si basava su solidi precetti derivati dalla medicina empirica e dalla tradizione farmacologica antica. Tra l'altro l'insegnamento della medicina fu in gran parte di tipo diretto, da padre a figlio o dal medico all'apprendista, per cui è difficile, specialmente prima del XIII secolo, stabilire quanto il bagaglio teorico-speculativo influisse sulla pratica.
Sta di fatto però che verso la fine del XIII secolo la medicina teorica aveva raggiunto un prestigio tale da sfidare il medico pratico e da tentare di escluderlo dalla professione.

La medicina erudita medievale si basava essenzialmente sulla nozione galenica di "complessione", concetto che proveniva dalla teoria empedoclea degli elementi. Ma la complessione non era che una delle cosiddette res naturales che presiedevano alla costituzione dell'uomo  nel suo complesso assieme, ad esempio, alle virtù (animale, vitale e naturale) o alle membra. La salute, equilibrio degli umori e buona armonia delle res naturales, poteva essere mantenuta attraverso la cura delle cosiddette res non naturales, concetto già presente in Galeno ma che entra nell'uso comune con i commenti arabi e specialmente con il Canone di Avicenna: la cura dell'equilibrio della complessione, la scelta degli alimenti e delle bevande, l'eliminazione delle superfluità, il giusto ritmo del sonno e della veglia e così via: insomma l'igiene del corpo.
La malattia (a parte la menomazione fisica, come ad esempio una ferita) veniva intesa come rottura dell'equilibrio umorale che  comporterebbe una alterazione del buon funzionamento dei processi naturali che avvengono nel campo delle res naturales: per questo la malatti aveniva classificata fra le res contra naturales. La terapia quindi può essere vista come lo sforzo di ritornare all'equilibrio precedente (o ad un nuovo equilibrio se la malattia comporta comunque una menomazione) attraverso l'igiene o i farmaci o, se necessario, la chirurgia.