- Grotte oligotrofiche: sono caratterizzate da scarsa disponibilità di sostanze organiche; l'acqua che vi entra porta poca materia organica e quindi la fauna è scarsa, ma le poche specie che vi vivono spesso sono molto specializzate; qui di solito la base dell'alimentazione è rappresentata da flore batteriche autotrofe, che riescono a sintetizzare sostanze organiche dal substrato minerale (solfobatteri, nitrobatteri, ferrobatteri, ecc.);

- Grotte eutrofiche: sono caratterizzate dalla presenza di abbondanti depositi di sostanza organica di origine animale e in particolare da guano di pipistrelli, che ricopre una porzione significativa delle superfici della cavità; tali grotte sono popolate tutto o parte dell'anno da grandi colonie di Chirotteri;

- Grotte distrofiche: sono caratterizzate da cospicui accumuli di detrito vegetale e povere invece di guano o di altra risorsa di natura animale.

Comunque in grotte eutrofiche e distrofiche c'è un buon potenziale energetico, la fauna è costituita da diverse specie, numericamente abbondanti, ma meno specializzate.

In uno schema di una catena alimentare più sono complesse le relazioni, più veritiero è lo schema: infatti l'equilibrio ecologico è basato su varie nicchie ecologiche.

Nella piramide alimentare dopo i batteri autotrofi ed eterotrofi, (questi ultimi sono di origine esterna ed utilizzano sostanze organiche già elaborate) segue una microfauna batteriofaga, che vive nelle argille e nei fanghi dove la fauna limivora trova sostentamento. I limivori a loro volta rappresentano cibo per i propri predatori. Classici esempi di limivori sono i lombrichi, molti crostacei e diverse larve di insetti.

Carnivori, o meglio predatori, sono i chilopodi, gli opilioni, gli pseudoscorpioni, i ragni, vari coleotteri.

Tra i detritivori troviamo diplopodi, crostacei, vari insetti.

Esistono anche altri gruppi:

- i guanobi, cioè gli organismi che traggono nutrimento dai composti azotati contenuti nel guano (ricordiamo anche che la presenza di pipistrelli incrementa il numero di specie necrofaghe che ne sfruttano i resti a scopo alimentare o di altre che li parassitano come acari e pulci);

- i parassiti che, ospiti abituali di pipistrelli ed altri mammiferi troglofili, possono anche attaccarsi ad altri artropodi;

- i coprofagi che si nutrono delle deiezioni di altri organismi;

- i saprofagi che si nutrono di sostanze organiche in decomposizione sia vegetali (fitosaprofagi) che animali (zoosaprofagi).

Secondo alcuni autori i limiti tra saprofagi e carnivori sono assai meno precisi che in superficie, per una certa facilità a passare da una dieta all'altra.

La predazione è la forma più diretta di relazione fra specie diverse. Ma nelle grotte di estensione limitata, con risorse trofiche scarse, si manifesta con maggiore evidenza anche un'altra forma di relazione, la competizione per la conquista dell'alimento. L'intensità di questa è direttamente proporzionale alla sovrapposizione delle nicchie ecologiche dei competitori. E' raro rinvenire in una stessa grotta specie appartenenti allo stesso genere o molto affini tra loro. Se ciò si verifica, le nicchie ecologiche sono sufficientemente distinte.