Tripsina etripsinogeno hanno una struttura molto simile nella struttura terziaria complessiva.

In questa vista è mostrata la triade catalitica essenzialmente uguale nello zimogeno e nell'enzima attivo.

In modo analogo il sito attivo dell'enzima sembra essere simile nelle due strutture

Comunque la buca dell'ossianione della tripsina, che coinvolge due azoti della struttura, non è propriamente formato nel tripsinogeno. Si ricorda che questo è l'elemento che stabilizza lo stato di transizione.