Nell’età paleolitica, il territorio di Savona era ricco di foreste che dai monti si estendevano sino al mare. La fauna era rappresentata da moltissimi animali, fra cui i grandi mammut, gli ippopotami, i cervi, i rinoceronti e i terribili giganteschi orsi delle caverne. La presenza umana risale a circa 200.000 anni, con l’uomo di Neandertal, di cui sono state trovate tracce nelle grotte dell’entroterra. In età preromana le tribù liguri si estendevano per tutta la costa e nell’entroterra sino alle Langhe. Gli Intemeli a Ventimiglia, gli Ingauni ad Albenga, i Vagienni e Albici nelle Langhe, i Sabati nel Savonese e poi ancora gli Stazieli, i Vituri e altri. I primi siti abitativi furono realizzati su di un lembo di terra rialzato sul mare, il Priamar, unito alla costa da uno stretto istmo su cui oggi è Via Pia, e i primi resoconti della città, in epoca storica, risalgono alle cronache di Tito Livio, 205 a.C., che nel libro XXVIII - 46 scrive: "Ingauni, Ligurum ea gens est, bellum ea tempestate gerebant cum Epanteriis Montanis. Igitur Poenus Sauone, oppido Alpino preda deposita et decem longis naui in statione ad praesidium relictis, …". (gli Ingauni, gente di Liguria, erano in guerra con gli Epanterii Montani. Il Cartaginese, depositata la preda a Savona, città alpina, e lasciate ivi dieci navi da guerra per presidiare…) (gli Epanterii erano abitanti dell’alta valle del Tanaro, alle spalle d’Albenga). La conquista della Liguria fu sofferta e molto difficile. Tito Livio ci dice "le donne combattevano con il vigore degli uomini e gli uomini  con il vigore delle fiere". La lotta per la sottomissione durò circa 80 anni e si realizzò nel 7 a.C., sotto l'impero di Augusto. Durante l’impero romano, Savona non ebbe grande sviluppo poiché la vicina Vada Sabatia, l’odierna Vado Ligure, acquistò maggiore importanza con lo sbocco al mare della Via Emilia. Con la caduta dell’impero romano e le invasioni barbariche dei Longobardi, (Alboino nel 538 e poi Rotari nel 639), Savona divenne più sicura di Vado che era senza mura, e così acquistò più importanza fino a che, Rotari, re longobardo, conquistò la Liguria distruggendo Savona nel 639 e l’autorità politica longobarda s’insidiò a Vado.
Grande fu la distruzione operata da Rotari, in quanto Savona fu l'unica a resistere. 

Nel 887, sappiamo che il vescovo Romolo, si insedia nel Priamar. Poi un periodo senza notevoli avvenimenti, fino a Carlomagno.

Il Papato strinse alleanza con i Franchi e Carlo (Carlomagno), figlio di Pipino, sconfiggendo i longobardi a Susa decise la fine del potere Longobardo e Savona fu nominata Contea. L’invasione dei Saraceni fece sì che Savona, per la sua ubicazione ad essere adatta a difesa della popolazione, ricominciò a riprendere importanza. Alla morte di Carlo Magno, l’impero si smembrò e nella riorganizzazione fatta da Ottone I fu creato un marchesato, dato ad Aleramo, genero di Ottone I, nel cui territorio erano comprese Savona, Finale, Ceva e il Monferrato, era la marca aleramica. La marca aleramica comprendeva sei "Marche", Finale, Bosco, Ceva, Monferrato, Ponzone, Garessio. 

La costruzione del porto, fece fiorire il commercio e così anche la vita, il benessere e lo sviluppo della città; la lontananza del potere politico imperiale favorì il nascere di un potere "cittadino", i cui principali rappresentanti si organizzarono in un’associazione, "la compagna". Nel 1014, la compagna, ottenne dall’imperatore maggiori privilegi, a scapito dell’autorità del marchese, con le convenzioni del 1059, 1061, 1062.  La città incominciò ad espandersi e si suddivise in tre parti. Sul Priamar, il "castrum", sede del centro religioso, nella zona del Brandale, la "civitas" sede del potere commerciale ed economico, e il "borgo" centro del potere feudale. Questi tre poteri, furono spesso in contrasto fra loro. In questo periodo, i traffici marittimi risentivano della forte presenza turca nel Mediterraneo e nel 1096, alla prima crociata bandita dal papa Urbano II, partecipò anche Savona, come libero Comune. Tale partecipazione fu premiata con privilegi che suscitarono il malcontento di Genova. Come Savona, altri comuni si erano resi autonomi e questo non piacque all’imperatore Federico I, il Barbarossa, che intervenne per riaffermare la sua supremazia. Sceso in Italia, distrusse Milano e privilegiò Genova conferendole supremazia su tutta la Liguria. La compagna, il cui potere era aumentato, iniziò una vasta azione diplomatica, fra Savona e i confinanti. Il Marchesato cercava di opporsi, ma la morte di Bonifacio del Vasto, e la suddivisione della marca fra i suoi sette figli lo indebolì maggiormente. I piccoli feudi vendettero alla campagna privilegi e terre e il 10 aprile 1191 l’imperatore Ottone dava al Comune l’intero territorio, così Savona diventa libero Comune. Genova, con una lenta politica espansionistica, cercava di soffocare Savona, ma nonostante questo i commerci erano in piena espansione e le navi savonesi percorrevano tutto il Mediterraneo.
Nel frattempo le esigenze tributarie di Genova crescevano, mentre Noli ne insidiava l'autonomia. Savona per liberarsi da questo giogo dichiarò guerra ad entrambe, alleandosi con Pisa e con Federico II. La guerra con Genova non fu solo economica per la concorrenza marittima dei commerci, ma anche politica; Savona era ghibellina, Genova guelfa.

Nel 1220, Federico II riceveva la corona imperiale da papa Onorio III e Savona si metteva sotto la sua protezione e con l’alleanza di Comuni vicini, rifiutava, guidata dal Podestà Oberto Desumo, obbedienza a Genova. 
La reazione genovese fu violenta; le mura furono abbattute, il porto danneggiato. Nel 1241 la flotta imperiale, all’isola del Giglio, sconfisse le navi Genovesi ma il papa genovese Innocenzo IV, al secolo Sinibaldo Fieschi, salvò la situazione indicendo il concilio di Lione e scomunicava Federico. Nel 1250, Federico moriva e la nuova situazione politica costringeva Savona a firmare nel 1251 la pace di Varazze con Genova. Subentrò un periodo prospero. La discesa in Italia di Filippo il Bello e la disputa con il papa Bonifacio VIII riaccese la lotta tra guelfi e ghibellini. Successivamente, sotto l’impero di Enrico VIII, Savona si schierò con lui e nello stemma della città apparve l’aquila imperiale. In questo periodo altre lotte insorsero fra i nobili che desideravano riavere il loro potere politico e il popolo cui il potere apparteneva. Dapprima una terribile carestia, poi la peste del 1348, portarono un po’ di tranquillità. Altre lotte però erano all’orizzonte e quando esse maturarono, Savona si schierò sempre con i nemici di Genova, chiedendo la protezione a Luigi D’Orleans, nel 1394, e così ebbe un governatore francese. Intanto Filippo Visconti di Milano aveva ambizione di conquistare Savona e Genova ed aprire così uno sbocco al mare al suo Ducato. Nel 1435, Renato D’Angiò, chiese aiuto, durante l’assedio di Gaeta, ai Visconti e il re aragonese Alfonso, sconfitto, fu imprigionato a Savona, ma successivamente liberato dallo stesso Filippo. I genovesi videro svilire in questi avvenimenti la loro pretesa superiorità sui savonesi e così nel 1440 rioccuparono la città. Il ponente ligure, però, era ambito dai Del Carretto e altre battaglie avvennero con il doge Pietro Fregoso che assediò i Del Carretto a castel Govone. Con il pontificato del savonese Sisto IV, la città iniziò un nuovo periodo di prosperità. Per la forte presenza turca nel Mediterraneo, molte rotte furono modificate e il porto assunse importanza grazie ai suoi fondali, che gli permettevano di ospitare le grandi caracche e le cocche. Si svilupparono i cantieri, l’arte dei basilari, dei conciari, dei candelai, dei ceramisti, dei fabbri, dei calderai, dei cassari, dei tessitori. Sono gli anni in cui Cristoforo Colombo, risiede in Savona, per seguire il padre lanaiolo e qui apprenderà l’arte della navigazione. Le lotte, però continuarono. Nel 1488, Ludovico il Moro, sottomise Savona. Nel 1499 i francesi s'insediano nel ducato di Milano e conquistano la Liguria e Savona ha l'occasione di sottrarsi al dominio genovese. Intanto Carlo VIII, discese in Italia per rivendicare il regno di Napoli e preoccupando non poco il papa, che organizzò una lega antifrancese la quale obbligò il re a ritirarsi. Nel 1503, un altro savonese, Giuliano della Rovere, saliva al trono pontificio, col nome di Giulio II. Alla sua morte ed essendo i francesi costretti ad abbandonare l’Italia, nel 1513, veniva imposto a Savona un governatore Genovese. IL 20 settembre 1519, la spedizione di Magellano, salpò dal porto di Siviglia. Pilota dell’ammiraglia era il savonese Leon Pancaldo.

Nella contesa sorta tra l’imperatore Carlo V, re di Spagna, e Francesco II, re di Francia, Savona fedelmente si schierò con i francesi. Carlo V sconfigge Francesco II a Pavia nel 1525, facendolo prigioniero e nel 1529 è costretto a rinunciare ai possessi italiani con la pace di Cambrais. Già nel 1521 Genova incomincia la sua guerra a Savona, con l'aiuto di Varazze, e nel 1526 anche Noli e Stella si uniscono a Genova. Il doge genovese Andrea Doria, abbandona, nell’agosto del 1528, l’alleanza con Francesco I e si mette al servizio di Carlo V. Tra le clausole di questa alleanza è l’ottenere il reintegro del dominio della repubblica di Genova e " specialmente Savona"e Carlo V reintegrò Genova nella sua forma repubblicana e così per Savona iniziò un altro periodo buio e fu nuovamente conquistata. Mentre G.B.Fornari voleva la distruzione totale della città, Agostino Pallavicino voleva una distruzione anche morale. Le mura sono demolite, le macerie caricate su carcasse che sono affondate per interrare il porto, le torri sono abbattute e la campana del Brandale fatta cadere. Il 20 agosto 1529, Savona perde la sua autonomia e nel 1535 viene abolita la facoltà di battere moneta. Tutto cade nella catastrofe ed il bel periodo che i due papi avevano dato alla città è solo un lontano ricordo. Altre guerre tra Francesco I e Carlo V contribuiscono ad aumentare le sventure. L’apparizione della Madonna che lascia ad Antonio Botta il suo messaggio di "misericordia e non giustizia", fa nascere un nuovo fermento che favorisce il lento riprendere della città. Ora Genova è minacciata da altri eventi. Francesco I si è alleato con i turchi e il piccolo regno sabaudo ha ambizione di arrivare al mare. Per questi motivi, si decide fortificare Savona e nel 1542 sì da inizio alla costruzione della grande fortezza sul Priamar, che si protrarrà sino al 1686. L’esistente cittadella, il duomo, i monasteri, i luoghi delle confraternite, l’ospedale viene tutto demolito e perso per sempre. Da un documento dell’epoca, leggiamo " E al 2 de agosto de 1542 deteno principio a fare lavorare per fare dita fortesa e lo primo iorno le misero a fare ruinare lo spitale de li caratai e poi lo spitale de san Paulo e poi de iorno in iorno andavano ruinando le casaze de li batuti e lo spitale deli pelegrini nominato hospitale grande e andavano fasendo fondamenti dove voliano fare la muragia de la fortesa e ali 23 de agosto deteno principio de lavorare de pietre e di calsina sopra lo convento de santo Domenico e como la muragia fu di altesa da 15 in 20 parmi deteno principio a fondare alo sperone verso la foze fasendo una grosa muragia sopra pali di verna lavorando con grande quantita de maestri e de amanoatori sempre lavorando e la fortesa ogni yorno crezeva de muragia e ali 15 de desembre feceno esire le richiuse de lo suo monestero e ruinono lo monestero e le dite moniche adorno disperse chi in qua e chi in la e poi ali 24 de aprile de 1543 lo podesta de Saona fece andare uno bando che finita quela yornata non fuse persona alcuna chi prezumese de andare al domo ne meno entrare ne la fortesa de novo fata soto la pena de la vita a chi contra fara fata adi 24 aprile 1543." Le spese sono immense e sono addebitate interamente alla città che riceverà il titolo di "fedelissima", nel 1626. I contrasti tra il re Sole, Luigi XIV, e Genova, trascinano anche Savona, che ormai è considerata dai genovesi, come un baluardo a difesa della loro città. Nel 1746 è occupata dal re di Sardegna ma le guerre Europee condizionano la vita delle due città e solo la pace di Aquisgrana, 18 ottobre 1748, rende a Genova i suoi territori e a Savona una rinnovata schiavitù. La rivoluzione francese, sembra portare un vento nuovo ma le operazioni militari contro l’Austria producono altre distruzioni e disagi. I francesi sono vittoriosi a Loano, il 23 novembre 1795, e il 20 dicembre, il gen. Messena entra in Savona. L’11 aprile 1796, Napoleone, stabilisce il suo quartiere generale a Savona e pone fine all’egemonia di Genova. Savona, con l’annessione della Liguria alla Francia, viene a trovarsi il maggiore centro del dipartimento di Montenotte che si estenderà dal basso Piemonte a Ceva, sino ad Imperia. A governarlo, sarà inviato un grande uomo di vastissime capacità organizzative, il prefetto Gilbert Chabrol. Inizierà un’epoca di grandi realizzazioni e progettazioni di opere pubbliche e una grande ripresa della vita cittadina. Lo studio statistico del dipartimento, fu un’opera di studio immensa che rivelerà le capacità e le risorse del territorio. È sotto la sua prefettura, che avviene l’imprigionamento del papa Pio VII, che aveva osato scomunicare l’imperatore. Napoleone lo farà arrestare, 6 luglio 1809, e trasferire a Savona, ritenuta sicura; il prefetto Chabrol si trova nel duplice ruolo di carceriere e governatore di una città che mal sopportava tale prigionia. Il 10 maggio 1815, Pio VII ritorna a Savona, grato verso la popolazione che gli aveva dimostrato tanto affetto e per rendere omaggio alla Madonna al Santuario della Misericordia.

L’11 giugno 1815, Napoleone è sconfitto a Waterloo, e il congresso di Vienna, ridisegna la geografia politica Europea. La repubblica di Genova cessa di esistere e il suo territorio assegnato allo stato Sabaudo. Lo stato Genovese viene nominato ducato e diviso in tre settori: Genova, Savona e La Spezia. I moti insurrezionali del 1821, vedono Santorre di Santarosa aiutato dai liberali savonesi e nel 1830 il Priamar, ha come "ospite" G.Mazzini, che durante la prigionia elaborerà il programma della Giovine Italia. In questo periodo, grande importanza educativa ha la scuola dei Padri Scolopi nella formazione di molti uomini illustri. P.Sbarbaro economista, A.Ricci generale, P.Boselli ministro, V.Poggi giornalista, G.Saredo giurista, G.C.Abba storico e garibaldino, P.Giuria saggista, A.G.Barrili garibaldino e romanziere. Il disinteresse del governo Sabaudo, verso Savona, muove il vescovo, Mons. De Mari, ad organizzare varie iniziative, come società per l’industria, il commercio, la fondazione della Cassa di Risparmio. Grazie a questo e alle riforme di Cavour, il porto riacquista la sua importanza ma la mancanza di un’adeguata linea ferroviaria verso il Piemonte, fa rallentare la ripresa economica. Nel 1850 P.Paleocapa, ministro dei governi Cavour e D’Azeglio, promuove lavori e stanziamenti, ma ancora una volta, l’opposizione di Genova ritarderà lo sviluppo della città. Nella seconda metà del 1800, i lavori finalmente realizzati, favoriscono l’instaurarsi di molte industrie e così lo sviluppo della città prospera in modo notevole. I settori più importanti sono la cantieristica, la metallurgia, la meccanica, la vetraria, la ceramica, la conciaria, la fabbricazione del sapone, della frutta candita, degli oli, della pasta, delle piastrelle, la lavorazione dello zolfo.

Sorgono società operaie, di mutuo soccorso e nel 1901, nasce la Camera del Lavoro. Non mancano momenti di crisi, come quello nato con il fallimento dello stabilimento Tardy e Benech che sarà rilevato dall’Ilva. Lasciatasi alle spalle la grande crisi, il novecento si apre alla "belle epoque", che a Savona si vive col Cafè Wanda.

La grande guerra pone fine a questo, le industrie si trasformano in industrie belliche, i giovani, in soldati da mandare al massacro. La fine della guerra e quindi l’inevitabile riconversione industriale, provocano molti disoccupati, il costo della vita sale e così forti agitazioni. Savona nel 1920 ha una rappresentanza comunale prevalentemente socialista e l’avvento del fascismo la trova idealmente lontana. La vita degli oppositori al regime diventa sempre più drammatica e i principali rappresentanti sono costretti all’esilio. Il 12 dicembre 1926, l’on. Filippo Turati e l’avv. Sandro Pertini, futuro presidente della Repubblica, s’imbarcano su di un motoscafo per l’esilio. Nel settembre 1927, si celebra il famoso "processo di Savona", ove gli imputati Francesco Spirito, Ferruccio Parri, Ettore Albini, Emilio Amelio, Lorenzo da Bove, Giacomo Oxilia, Carlo Rosselli, con grande coraggio, esprimono la loro profonda avversione al regime, per cui il processo si trasforma in un atto d’accusa al fascismo.
Il 2 gennaio 1927 è nominata capoluogo di provincia.

La seconda guerra mondiale porta altri lutti, altre distruzioni; il 25 luglio cade il governo fascista, l’8 settembre l’armistizio, ma Savona rimane sotto il giogo tedesco e il comandante del porto ten. col. Enrico Ronì, ordina l’auto affondamento di tutte le navi in porto. Sui monti si organizza la resistenza che agirà con operazioni di sabotaggio e di guerriglia. L’attentato alla trattoria della stazione, il 23 dicembre 1943, provoca l’immediata reazione dei nazisti. Sette ostaggi politici, prelevati dalle carceri vengono fucilati al forte della Madonna degli Angeli. Altre fucilazioni avvengono il 5 aprile 1944, in Valloria, 13 persone, e il 6 novembre al Priamar, 6 persone. Il 24 aprile 1945, i partigiani entrano in città mentre i nazisti si ritirano verso il Piemonte. Intanto nelle fabbriche, nel porto, gli operai disinnescano le cariche esplosive che dovevano tutto distruggere. Prima dell’arrivo degli alleati, Savona è già libera e per questo le verrà conferita la medaglia d’oro.

Ancora una volta, lo spirito indomito dei savonesi ha vinto e ancora una volta la ricostruzione avrà inizio.