Che i cittadini di Orte Scalo, il giorno 29 agosto 1943, giorno di domenica, si fossero rifugiati sulle pendici della collina in cima alla quale vi era una chiesa di San Nicolao, è molto comprensibile.

Si trattava di un luogo di venerazione di San Francesco ed i cittadini di Orte Scalo, che non avevano ancora provato l'orrore dei bombardamenti aerei, al suono della sirena di allarme, ritennero sufficiente allontanarsi dall'obiettivo militare, cioè dalla stazione ferroviaria, e di fare una passeggiata verso il santuario di San Francesco. La chiesa di San Nicolao ad Scopulos sovrastava il colle alto 205 metri e distante circa 2.500 metri in linea d'aria dalla stazione ferroviaria.

Nel 1209 San Francesco, di ritorno da Roma dopo aver avuto da Papa Innocenzo III l'approvazione della regola, si fermò per quindici giorni ad Orte. Padre Bonaventura Theuli di Velletri, nel suo libro "Apparato minoritico della provincia di Roma" affermò che San Francesco aveva preso dimora nella chiesa di San Nicolao; quando poi il Santo di Assisi ritornò alla Porziuncola, nella chiesa di San Nicolao fu istituita una comunità francescana. Ma la chiesa era troppo lontana dal più vicino centro abitato cioè Orte (circa 10 Km) ed allora ai francescani subentrarono tre frati eremiti che tra l'altro ricevettero donazioni, in contrada Caselli, da cittadini ortani benestanti.

Successivamente la chiesa tornò sotto la giurisdizione dei minori del convento di San Francesco i quali fecero dimorare4 nel santuario due frati terziari fino al 1800, quando il convento di San Francesco fu soppresso. A pochi passi dalla chiesa di San Nicolao vi era un sasso molto alto sulla sommità del quale, si dice, andasse San Francesco a pregare e dove il "poverello di Assisi" fece il miracolo di fare sgorgare l'acqua per le necessità dei fedeli.

In tempi passati molti devoti di San Francesco si recavano in pellegrinaggio alla chiesa di San Nicolao e salivano a piedi lungo le pendici del colle; il 29 agosto 1943 i cittadini di Orte Scalo, lungo lo stesso percorso, cercarono la loro salvezza fisica dal bombardamento e invece trovarono la morte percorrendo la loro ultima "via crucis".

Dopo i quindici giorni trascorsi a San Nicolao, San Francesco era tornato nella sua Assisi, attraversando il Tevere in corrispondenza di un  approdo, poco a sud dell'attuale Orte Scalo, che è tuttora chiamato "Barca o Porto di San Francesco".

Sulla cima del colle di San Nicolao non è rimasto nulla del passato francescano, se non pochi ruderi di scarso valore storico.