L'origine del nome Genova viene fatto risalire ad una radice indoeuropea *geneu- ("ginocchio") oppure *genu- ("mascella, bocca") oppure la più fondata: "ienua", che in latino significa "porta". Infatti Genova, per gli antichi Romani, era la "porta", il confine tra l'impero Romano e la provincia Gallica. Il toponimo potrebbe anche riferirsi ad una qualche caratteristica fisica del sito sul quale sorse il primitivo oppidum di Genova: nel caso di *geneu potrebbe indicare l'insenatura del Porto Vecchio, simile alla curvatura interna del ginocchio, mentre genu- sarebbe un'allusione alla foce ("bocca") di uno degli antichi corsi d'acqua del sito.

“ ... Vedrai una città regale, addossata ad una collina alpestre, superba per uomini e per mura, il cui solo aspetto la indica signora del mare ... ” —Francesco Petrarca, 1358, Itinerarium breve de Ianua ad Ierusalem

A corroborare questa evidenza è il fatto che la maggioranza dei linguisti considerino Genua e Genaua (Ginevra) varianti dello stesso nome (la posizione geografica e la forma di Ginevra, ricordano non a caso quella di Genova).

La leggenda vuole invece che derivi dal nome del dio romano Giano, perché, proprio come il Giano bifronte, Genova ha due facce: una rivolta verso il mare, l'altra oltre i monti che la circondano. La tradizionale fedeltà della popolazione Genuate a Roma, risalente alle guerre puniche, ha reso inevitabile che successivamente, in epoca medievale, la tesi romana venisse presa in maggiore considerazione e che la città assumesse il nome latino di Ianua, derivandolo direttamente da Janus, ovvero Giano.

Gli antichi romani consideravano Giano come l'iniziatore dell'uso della moneta nella società ed il protettore di tutti i passaggi: della porta di casa, delle Porte di accesso alle città, dei porti e dei valichi (denominati appunto anche porte). Ciò trova un solido riscontro tutt'oggi nel fatto che Genova sia considerata e spesso chiamata "la porta d'Europa sul Mediterraneo".

La porta ha un'importanza particolare nella cultura architettonica genovese e questo rapporto si palesa sia negli antichi portali, decorati e sullo stipite dei quali è posto un bassorilievo, spesso raffigurante San Giorgio che uccide il drago o altre scene di santi, sia nelle porte che nei vari secoli si sono aperte lungo le mura della città, e nel valore simbolico loro dato. Nella Cattedrale di San Lorenzo esiste una sua immagine con la scritta Ianus Primus Rex Italiae.

L'immagine ambivalente del Giano bifronte, che guarda al passato e vede il futuro, Genova - città proiettata al futuro ma che sa guardare al proprio passato - la rispecchierà sempre, anche nei suoi simboli, in particolare nel Grifone (con la fierezza del leone e la nobiltà dell'aquila, vicino a Dio e forte in terra), nella propria vocazione di luogo di servizi, nelle sue istituzioni, nelle sue tradizioni.

Il nome della città in dialetto ha subito una contrazione, in passato veniva chiamata Zenoa pronunciato in dialetto genovese Zenua (con la zeta dolce), oggi, invece, viene chiamata Zena (sempre con la zeta dolce).

Sempre riguardo al nome di Genova va poi fatta notare una particolarità: i santi protettori di Genova sono San Giovanni Battista - patrono ufficiale della città - e San Giorgio e secondo una tradizione la città era nell'antichità votata al dio Giano bifronte
  Giano - Genova - Giovanni - Giorgio  Italiano
  Gianus - Genua - Gioannes - Georgius  Latino
  Ianus - Ianua - Ioannes - Ieorgius  Latino medievale
  ____ - Zena - Zane - Zòrzo (Zorzu)  Genovese