Molti sono convinti che per fare un bonsai si debba contenere la crescita e l'energia della pianta e che quindi non vadano concimati o concimati molto poco. Nulla di più sbagliato ! Caratteristica fondamentale di un bel bonsai è quella di mostrare un vigore esuberante, ma trattenuto nella sua forma grazie a frequenti potature e pizzicature. Per i bonsai ancora in formazione appare ancora più ovvia la necessità di mantenere la pianta vigorosa. A questo fine è essenziale nutrire bene la pianta sia di luce che di concime, tenendo presente che la tecnica è completamente differente a seconda che si tratti di esemplari maturi o in formazione. Per i primi ci vuole aumento del vigore ma non della massa, e questo si ottiene concimando prevalentemente  

in autunno : la pianta non cresce ma accumula energia per la primavera successiva. Per i bonsai in formazione invece si concima molto in primavera con prevalenza di azoto. Attenzione a non eccedere perché potrebbe bruciare le radici. Alcune essenze (es. piracanta, pini ) segnalano la concimazione eccessiva producendo foglie verde chiaro fino al giallo e talvolta con punta bianca, ma basta sospendere la concimazione ed innaffiare molto e l'anno successivo torna tutto normale. 

Le essenze che consumano molta acqua (es. aceri) invece dopo anche una sola concimazione eccessiva presentano segni di disidratazione che le porta facilmente a morire. Altre essenze (es. ginepri, olivastri) non danno alcun segno di sofferenza ma perdono le radici e vivono delle riserve del tronco per alcuni mesi per poi seccare velocemente senza alcuna causa apparente. In tutti i casi evitare di concimare in estate ed inverno perché quasi nessuna pianta consuma sali minerali in questa stagione, e questi si accumulerebbero raggiungendo facilmente concentrazioni tossiche. a questo proposito va ricordato che anche le semplici annaffiature determinano l'accumulo di sali minerali nel terreno che alla lunga diventano tossici. Per questo è necessario di tanto in tanto rinvasare e rinnovare la terra. Altro concetto da considerare è che gli alberi vivono in simbiosi con i funghi, batteri e altri microrganismi. questi nel piccolo vaso da bonsai muoiono a causa delle continue oscillazioni di temperatura ed umidità. Pertanto le prime concimazioni primaverili dovranno necessariamente essere effettuate con concimi organici in decomposizione per assicurare l'apporto di nuove e vitali colonie di microrganismi.