L'esistenza dell'EVA-04 è anche più breve dell'EVA-03. L'Unità 04 è dotata del motore sperimentale S² della NERV simile a quello di un Angelo. Funziona convertendo la materia in energia senza perdite, ma la sua attivazione iniziale al secondo ramo della NERV nel deserto del Nevada, in America, andò terribilmente male. Come risultato la NERV-02 venne spazzata via dalle cartine insieme all'EVA-04, il suo motore sperimentale S² installato e migliaia di persone. La cifra esatta di perdite umane non è data, ma probabilmente si può intuire che, l'installazione è svanita appena, il contenitore del motore degradò, convertendo di conseguenza tutta la massa all'interno di un certo raggio in energia pura.