Il territorio un tempo costituiva l'ultima propaggine occidentale della laguna di venezia ed era anticamente caratterizzato da valli, barene e paludi, ad eccezione di un tratto di pianura ricco di boschi, in corrispondenza della frazione di croce. Escluso dalla centuriazione romana, che non considerava i tratti paludosi ed acquitrinosi, era però attraversato dalla via Annia, costruita nel 131 a.C. per collegare Roma con aquileia, il cui tracciato corrispondeva probabilmente a quello dell'odierna via emilia, come attesterebbero alcuni reperti di scavo (anfore, vetri, cippi, oggi in parte al museo di torcello, in parte presso la scuola media ed il municipio di Musile), nonchè il recentissimo (1990) ritrovamento dei basamenti dei piloni e delle travi di legno di un ponte romano in località Ponte Catena.
              Il toponimo Musile (diga, riparo di palizzate,fascinaggi, detriti) comparve per la prima volta in un documento dell'836, ad indicare un nucleo abitato posto sulle rive del Piave. In quei paraggi, in epoca e luogo incerto, fu costruito il primo edificio sacro in onore di San donato, vescovo e martire, da cui poi, per concessione dei musilesi, avrebbe ricevuto il nome San Donà di piave. Solo intorno all'anno Mille si ha notizia dell'esistenza, a Torre di Caligo, di un monastero camaldolese, che la tradizione voleva fondato dallo stesso San Romualdo.
             Se il territorio "lagunare" era sottoposto alla giurisdizione del vescovo di torcello, Croce, invece, apparteneva al patriarca di Aquileia. Già "regula di Noventa di Piave, divenne poi feudo degli Ezzelini (1177), per essere poi inclusa tra i possedimenti del Comune di Treviso (1260), nonostante l'opposizione dei patriarchi aquileiesi, che solo più tardi (1291) rinunciarono ai propri diritti giurisdizionali. Nel 1329 fu saccheggiata dalle truppe scaligere.Nel 1331 i Foscari, proprietari di gran parte dei terreni, vi costruirono una cappella dedicata all'invenzione della Croce, dipendente da Noventa fino a che non divenne parrocchia (1509).
             Dopo l'avvento del dominio veneziano le valli, i pascoli, i pochi terreni agricoli di Musile vennero acquistati dai Malipiero (fine sec. XV), che eressero anche una nuova chiesa dedicata a San donato e incentivarono il distacco da Noventa nel tentativo di creare un insediamento urbano autonomo in una zona peraltro inospitale: da un verso malarica per il progressivo impaludamento della laguna, dall'altro soggetta a violente inondazioni. Nel 1483 venne scavato il canale Fossetta per favorire le comunicazioni con Venezia.
             Nel cinquecento le condizioni abitative vennero poi migliorate con la costruzione (1534 - 1543) di un robusto argine (argine San Marco), eretto dalla Repubblica sulla sponda destra del fiume da Ponte di Piave a Torre di Caligo, per salvaguardare la laguna dall'interramento causato dalle piene del Piave, portandolo a tracimare sulla riva sinistra. Invece la deviazione del fiume attuata allo stesso fine (1641 - 16449, con l'occlusione (intestadura) del tratto Musile-Caposile e con la creazione di un nuovo alveo da Musile a Cortellazzo - in origine il Piave, oltrepassato l'attuale nucleo abitato di Musile, deviava verso ovest scorrendo nell'attuale letto della Piave Vecchia fino a Caposile per sfociare al Cavallino, attraverso quella che oggi è l'alveo del sile - ebbe effetti disastrosi, aumentando le acque stagnanti e di conseguenza il fenomeno malarico.Nel 1682, aperto il taglio del Sile, anche i boschi Malipiero e Foscari divennero paludi. Tutto il territorio era zona fortemente depressa.
            Divenuto comune in epoca napoleonica, Musile si risollevò solamente dopo l'unità d'Italia con il ripristino della Piave Vecchia (1873) e l'inizio delle operazioni di bonifica. In prima linea dopo la rotta di caporetto (autunno 1917), fu teatro di battaglia (giugno 1918) e ridotto a un cumulo di macerie. L'attuale centro urbano fu ricostruito negli anni Venti, completando successivamente la bonifica di quello che è oggi un fertile terreno agricolo.
            Le particolari vicende storiche ed economiche fanno si che nel territorio comunale non si conservino opere d'arte di particolare rilievo.
            Al centro dell'abitato, la chiesa parrocchiale è stata ricostruita in forme neogotiche nel1919. Il Municipio, anch'esso riedificato dopo la grande guerra, conserva alcuni reperti romani provenienti da scavi locali. Altri se ne trovano in deposito presso la scuola media.
           In località i Salsi, oltre il Sile verso la laguna, sono ancor oggi visibili i resti di un'antica torre doganale, ritenuta da alcuni la parte superstite del romitaggio di San Romualdo.