Questa vera e propria "politica delle acque" consentì di sviluppare un' importante rete idrica nei dintorni di Padova favorendo al contempo lo sviluppo di nuovi insediamenti e fortificazioni come Ponte di Brenta, Ponte San Nicolò, Battaglia, Pontelongo, Ponterotto, Pontecasale, Fossò, Fiumicello, Arzercavalli, Piazzola sul Brenta.
Il "periodo veneziano" - Il periodo veneziano è caratterizzato più da un rilevante sviluppo delle fortificazioni a protezione dell'area urbana che da un vero e proprio riassetto della struttura idrica della città. Tuttavia tale potenziamento, inglobando una vasta rete di canali precedentemente posti all'esterno della cinta muraria, finì per favorire un più ampio e protetto impiego dell'acqua stessa all'interno della città, come forza motrice capace di consentire diversi tipi di utilizzi e lavorazioni. In questa fase Padova si presenta dunque come una città completa con un impianto idrico tra i più complessi ed esemplari nel suo genere.
Padova nel XVIII-XIX secolo - Questo periodo è caratterizzato da una crescente attenzione al contenimento e alla soluzione dei problemi idrologici che "affliggono" la struttura idrica padovana. Nel settecento, a difesa delle frequenti inondazioni furono molti gli interventi volti al rafforzamento e potenziamento degli argini e alla costruzione di numerose conche e raccordi nei punti nevralgici della circolazione fluviale. I progetti di sistemazione più importanti vengono però realizzati solo nella seconda metà dell'ottocento. In particolare, il progetto che diede una svolta alla configurazione idrica padovana, fu quello relativo alla costruzione del Canale Scaricatore. Prima dell'apertura di questo canale, il Bacchiglione, entrato a Padova, si suddivideva in numerosi corsi d'acqua, anche artificiali, che confluivano tutti più a valle nel Roncajette, eccezion fatta per il Piovego che sfociava nel Brenta a Stra. Questo sistema di rii, caratterizzato da concorrenti rigurgitate, mal si prestava ad affrontare le improvvise piene del Bacchiglione, causando così frequenti inondazioni di buona parte del centro abitato. Per eliminare questo grave disagio il governo austriaco, tra il 1863 ed il 1874, fece costruire, su progetto di Vittorio Fossombroni (sviluppato poi dal Paleocapa), un nuovo canale (lo Scaricatore) che consentì di alleggerire l'impatto del Bacchiglione sull'area urbana e di portare le sue acque direttamente nel Roncajette a Ca' Nordio, escludendo la città.
La seconda metà dell'ottocento è inoltre caratterizzata dalla realizzazione di alcuni importanti interramenti che di fatto iniziano a stravolgere l'impianto fluviale storico della città; è infatti del 1874 l'interramento del Canale di Santa Sofia che collegava la zona dell'Ospedale "vecchio" con il Piovego. Altri interventi effettuati sul finire dell'ottocento furono dettati da motivi di ordine igienico-sanitario: del 1885 è ad esempio l'interramento dello storico canale della Bovetta, esistente già nel 1236, che aveva origine presso il Ponte San Leonardo e ritornava nel Tronco Maestro all'altezza della chiesa dei Carmini.
Padova nel novecento - Nei primi decenni del novecento gli sforzi maggiori furono volti al perfezionamento del sistema idrico cittadino, tra i quali vanno segnalati l'ampliamento del Canale Scaricatore con il prolungamento del Ponte Bassanello (progetto Gasparini) e la costruzione di una nuova bretella navigabile (il Canale di San Gregorio) che unisce la zona di Voltabarozzo al Piovego.
La seconda metà del novecento è invece caratterizzata dal definitivo tombinamento di canali e riviere storiche della città con l'intento di favorire la mobilità e la circolazione dei veicoli nel centro cittadino. Il primo in ordine cronologico (1948) è l'interramento del Canale Olmo che univa il monastero di Santa Maria in Vanzo in prossimità dell'Accademia Delia con il Canale di Santa Chiara attraverso il Canale delle Acquette. Del 1953-54 è invece il tombinamento del Canale Alicorno per favorire la costruzione del nuovo Ospedale con relativa distruzione di buona parte dei Giardini di Treves e di quasi mezzo chilometro della cinta muraria veneziana. Ma la vittima più illustre di questo scempio, fu senza dubbio il cosiddetto "Naviglio Interno" (vedi foto più sotto), nel tratto che andava dalla Conca delle Porte Contarine fino al Ponte delle Torreselle. Il Naviglio infatti, pur se degradato in ampi tratti, conservava le sue caratteristiche morfologiche e funzionali di canale atto alla navigazione e al collegamento di diverse aree storiche della città, senza poi dimenticare la bellezza dei suoi antichi ponti (si pensi ad esempio al Ponte San Lorenzo di origine romana). Purtroppo, negli anni cinquanta, prevale nell'Amministrazione Comunale l'ipotesi di utilizzare l'alveo come strada e sede del collettore fognario: i lavori di tombinamento, su progetto datato 1954 del Professor Francesco Marzolo , vengono così iniziati nel 1956 e ultimati nel corso del 1960.