Nel 1578 il beneficio disponeva di 150 scudi d'oro d'entrata; nella chiesa si celebrava quasi quotidianamente, anche se non era espressamente richiesta la soddisfazione di tale funzione. Gli oneri derivanti dal mantenimento e per l'ornamento della struttura erano garantiti grazie al sostegno del comune. Aveva tre altari dedicati a San Francesco (senza alcun reddito e privo di particolari obblighi, vi sì celebrava per devozione, soprattutto dei disciplini; sulla parete vi era dipinta la Trinità), Santa Maria, San Rocco e Sebastiano (con la cappella chiusa da cancellata). Il vescovo Giovanni Dolfin nel 1583 diede 18 mesi di tempo ai consoli della comunità per provvedere ad impiegare il lascito di 100 lire indicato nel testamento di Pietro Morandi per il restauro dell'oratorio di San Glisente, trascorsi inutilmente i quali la somma avrebbe dovuto essere impiegata (come effettivamente accadde) per sistemare San Lorenzo. Al distinto benefattore la comunità aveva intanto innalzato il monumento sepolcrale che ancora si vede sulla parete esterna destra della chiesa, con l'epigrafe: "QUI GIACE IL S(IGNOR) PIETRO MORANDI QUALE CON UNO SUO LEGATO DI SOME SESSANTA DI BIADA FONDETE IL MONTE DI MISERICORDIA NELLA NOSTRA TERRA DI BERZO PER IL CHE GLI HOMINI DEL COMMUNE ET HABITANTI CONOSCENTI E GRATI IN QUANTO POSSANO DI QUESTO BENEFITIO A PERPETUA MEMORIA GLI HANNO FABRICATO QUESTO SEPOLCHRO ET ANCHO ACIO I POSTERI LORO PIU' FACILMENTE TENGANO A MEMORIA DI PREGARE SEMPRE IDIO PER LUI MORSE GIOVANE NEL 23(ESIMO) ANNO DELLA SUA ETADE IL PRIMO GIORNO DI GENARO M D L X X X". Nel Cinquecento faceva capo alla chiesa anche la scuola del Corpus Domini retta nel 1573 dal massaro Antonio Coletti, con 160 aderenti; nel 1578 era priva di reddito e viveva di pure elemosine, gestite da un ministro e da sindaci i quali rendevano i conti al parroco. Il primo rettore di cui si ha notizia è don Michele Contini Tottoli di Prestine, il cui nome ricorre più volte in documentazione compresa tra il settembre 1369 e il gennaio 1400. Nel 1447 è ricordato invece don Zenone figlio del ricco signore Comincino Federici di Angolo, personaggio di primo piano nell'ambito della nobiltà e feudale camuna. In seguito fu la volta del cemmese don Giovanni Greci (+ 1502) che nel 1491 acquisì numerosi beni e canoni livellari a nome della chiesa da Lafranco Albertoni di Sellero. Dopo la morte del Greci, per almeno sessant'anni la prebenda venne concessa in investitura a soggetti commendatari che nella conduzione del beneficio si facevano sostituire da sacerdoti supplenti: don Eliseo Bontempi di Bienno, ricordato nel 1507; negli anni 1532-40, il protonotario apostolico veneziano don Angelo Lippomanno (già rettore commendatario di Vezza), cui subentrò il cremonese Giuseppe Oliva (che anche dopo la rinuncia continuò a percepire una pensione di 35 scudi pagata sul patrimonio di San Lorenzo); il biennese don Lazzaro Valentini (+ 1561), canonico della cattedrale di Bergamo. La chiesa compare nel catalogo dei benefici della diocesi del 1532 con il valore di 80 ducati; a metà secolo il beneficio era tra i più consistenti dell'intero territorio camuno, con una dote salita a 100 ducati (pari a quella di chiese ben più importanti quali le pievi di Cividate, Edolo e Pisogne). Nell'elenco dei benefici del 1559 la chiesa è classata valere 100 ducati; nel 1567 il vescovo Domenico Bollani ne rilevava la rendita pari a 160 scudi d'oro, assegnata ad un personaggio cremonese, mentre nel 1679 il beneficio pagava 126 lire per decime di curia. Tra i parroci meritano ancora di essere segnalati: don Paolo Benvenuto Bona (Breno 1602 - 1672 c.),laureato in teologia e filosofia, già cancelliere della curia episcopale, arciprete di Rogno e convisitatore -nel 1652- del vescovo Marco Morosini nel corso dell'effettuazione dell'ispezione pastorale alle parrocchie camune; il loverese don Giovanni Maria Rizzini, arciprete dal 1691 al 1703, già rettore del piccolo seminario sussidiario di Lovere; don Gaetano Romelli (Cividate 1762 - 1796), abile autore di graziosi versi, insegnante e rettore del seminario diocesano di Brescia. Nella chiesa sono visibili, sparse lungo la navata, le lapidi indicanti le sepolture di alcuni parroci: Giovanni Greci, Donato Mazzoli, Paolo Bontempi, Pietro Francesco Bava, Andrea Bonicelli (Artogne (1708 c. 1795), Gaetano Romelli. La lapide del Mazzoli presenta la scritta "DONATUS MAZZOLUS BIENNENSIS RECTOR, AC VICARIUS FORANEUS BERTII CANONICUS CIVEDATI, ET CLERICUS IN ECCLESIIS ESENI, CEMMI, AC IDULI SUB PRESIDIO BEATISSIME VIRGINIS MARIAE AC SANTORUM LAURENTII, AC DONATI OBIIT DIE 19 IUNII 1632 ET BENEMERITUS DE POPULO HIC SITUS EST". Con la cessazione della messa quotidiana a metà Seicento il degrado cominciò ad insinuarsi e a diffondersi rapidamente. Nel 1683 il parroco comunicava sconsolato all'autorità vescovile: "L'aqua penetra dalle muraglie in chiesa, anco nel Coro con pericolo d'infracidire l'ancona, palla, tovaglie, paramenti, cossini, pianete, muraglie, banchi, pitture, perchè quella scorre poi anco sacristia; con canali e con lasse si può provvpedere, ma si trascura". Il vescovo Gabrio Maria Nava, durante la visita compiuta nell'agosto 1808, osservava che "è rimarcabile in questa chiesa la tela dell'altar maggiore rappresentante il martirio di San Lorenzo che dicesi essere d'egreggio pennello".
