La pianta è di tipo longitudinale ad aula con navata di forma regolare la cui suddivisione in tre campate è determinata dalla presenza di due paraste per lato, costituenti l'imposta strutturale dei due arconi a sesto acuto, che reggono la copertura a capanna. Nella prima campata, inserita sul lato sinistro, vi è la cappella del battistero di forma regolare, con volta crociata e due oculi nelle pareti laterali; nel pavimento sono ancora presenti i fori per l'alloggio delle cancellate in ferro non più presenti. Un'altra cappella laterale è inserita nel lato destro della seconda campata, preziosa nella sua decorazione pittorica e altrettanto pregevole nella conformazione architettonica del suo sviluppo interno, infatti da un arco a tutto sesto, che
nel suo aggettare è sorretto da mensole sagomate, si sviluppa una volta costituita da tre voltine a crociera che creano un notevole effetto prospettico. Sempre su questo lato, nella terza campata, si apre la porta laterale. Sulla parete a destra di quest'apertura è dipinta l'iscrizione che ricorda l'alluvione del settembre del 1440. Un gradino, che mostra ancora i fori per l'alloggiamento delle cancellate, collega al presbiterio a pianta trapezoidale divisa in due campate coperte da due volte diverse: la prima è generata dall'arco a sesto acuto nella campata di aggancio alla navata, mentre la più interna è a crociera di partita da quattro rozzi peducci antropomorfi. Sul lato destro del presbiterio si apre la porta che collega alla sagrestia, a due battenti definiti da specchiature e traversi decorati con motivi a girali, chiusa da un catenaccio in ferro battuto. Nella sagrestia troviamo una piccola acquasantiera, murata nel lato sinistro in pietra di forma esagonale con bordo ricurvo; murato nel lato destro è invece il lavabo con semplice vasca martellata. Nel lato sinistro del presbiterio si aprono altre due porte: la prima accede ad un ripostiglio, la seconda alla torre campanaria; entrambi gli infissi sono a doppia specchiatura decorata con motivi a volute. Nel pavimento del presbiterio troviamo una lapide di forma rettangolare con cornice modanata, nella parte superiore è scolpito uno stemma federiciano sovrastato da una croce, l'iscrizione, di difficile lettura, interessa l'intera lapide ed è dedicata al sacerdote Giovanni Greco morto nel 1509. Nel pavimento della navata troviamo una lastra tombale inserita nel senso tasversale verso la parete sinistra, è dedicata al parroco di Berzo Gaetano Romelli, che fu insegnante di 
eloquenza nel seminario di Brescia per sette anni e mori nel 1796. Nel pavimento ai piedi del gradino di accesso all'abside in posizione longitudinale, al centro, è inserita una lastra tombale. Questa è delimitata da una cornice dagli angoli smussati, nella parte superiore è raffigurato un teschio con tricorno e ossa incrociate con sottostante iscrizione dedicata a Pietro Alberti Bava, prima plebano di Brandico e poi parroco di Berzo, morto nel 1772. Una lastra tombale è inserita nel pavimento della navata in senso trasversale verso la parete destra, nella parte superiore ha scolpito un teschio con tricorno e due ossa incrociate e sotto di esso l'iscrizione dedicata al reverendo Domenico Andrea Bonicelli, curato nella chiesa dei Santi Nazaro e Celso a Brescia, morto nel 1795. Nella parete sinistra dell'arco trionfale, sovrapposto ad affreschi è inserito un imponente monumento funerario sorretto da quattro volute, con lastra dove è raffigurato uno scheletro con paramenti sacerdotali e ai suoi lati teschio e ossa incrociate, le lesene sono costituite da putti telamonici e al culmine c'è il busto del defunto Paolo Bonte arciprete di Berzo, cui è dedicata la lapide che ricorda a sua morte nel 1691. Nella parete destra dell'arco trionfale è inserita una lapide tombale attorniata da una cornice modanata, con nella parte inferiore, entro cartella, stemma sbarrato con al centro un pino, e sopra di essa l'iscrizione dedicata a Donato Mazzoli di Bienno, rettore e vicario foraneo di Berzo, canonico di Cividate morto nel 1632.
