Nello stesso momento Cesare ordinò alla terza linea, che fino ad allora aveva tenuto nei ranghi ed era stata inattiva, di avanzare. Così, poiché i soldati sani e freschi avevano sostituito gli affaticati, mentre altri li attaccavano alle spalle, i Pompeiani non riuscirono a resistere e si diedero tutti alla fuga. Né in verità Cesare s'ingannò a ritenere che il primo passo della vittoria sarebbe nato da quelle coorti che erano state collocate di fronte alla cavalleria nella quarta linea, come egli stesso aveva dichiarato nell'esortare i soldati. Difatti la cavalleria fu dapprima respinta da queste, e le stesse fecero stragi di arcieri e frombolieri, circondarono l'esercito Pompeiano dalla parte sinistra e provocarono l'inizio della fuga dei nemici. Ma Pompeo, quando vide che la sua cavalleria era stata respinta e si accorse che quella parte su cui faceva maggiore affidamento era spaventata, senza fiducia negli altri si allontanò dal campo di battaglia e immediatamente si rifugiò a cavallo nell'accampamento, e a quei centurioni che aveva collocato di guardia presso la porta pretoria, ad alta voce, perché i soldati lo udissero, disse "Vigilate l'accampamento e difendetelo attentamente, qualora accadesse qualcosa di più grave. Io faccio il giro delle altre porte e rinforzo le difese dell'accampamento". Dopo avere detto questo, si rifugiò nella tenda pretoria senza fiducia nell'esito della battaglia e tuttavia aspettando gli eventi.
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