L'ultimo volume della trilogia porta la vicenda di Lyra alla conclusione. Ritroviamo la ragazzina con la madre, la signora Coulter che la tiene addormentata in una grotta per proteggerla dai rappresentanti della Chiesa, i quali, essendo a conoscenza del ruolo cruciale di Lyra nel destino dell'umanità, hanno inviato un killer perchè la trovi e la uccida.

La scienziata Mary Malone, seguendo gli ordini imparti dalle misteriose Ombre del suo mondo, penetra in un mondo parallelo, attraverso una delle finestre, ed incontra i Mulefa, creature innoque e dolci, e con il loro aiuto costruisce il cannocchiale d'ambra, uno strumento che consente di visualizzare le particelle di Polvere.

Lord Asriel invia due spie alla ricerca di Lyra: sono Gallivespiani, esseri umani di proporzioni minime che cavalcano libellule; Will, che sta cercando anch'egli la ragazzina, aiutato dall'Orso corazzato, inizialmente li vede come due nemici, ma in seguito si unice a loro e riesce a liberare Lyra dall'incantesimo che la tiene addormentata e a catturare la signora Coulter.

Lyra durante il suo sonno magico ha incontrato il suo amichetto Roger, che si trova nel regno dei morti ed ora sa che la sua missione le impone di raggiungere proprio l'aldilà dove forse troverà le risposte che cerca. Assieme a Will e ai due piccoli Gallivespiani trova l'entrata al mondo dei morti, ma l'attende una terribile prova: dovrà lasciare fuori il suo daimon Pantalaimon e Will dovrà ugualmente abbandonare la sua anima. Il dolore che i due ragazzi provano è terribile, ma una volta superatolo essi trovano tutti gli spiriti dei morti, tra i quali proprio Roger e il padre di Will.

Gli spiriti non sono in pace, ma soffrono in un limbo desolato e Lyra capisce che deve liberarli, portarli all'esterno e dare loro modo di assorbirsi nell'atmosfera tornando ad essere parte di ogni cosa. Il viaggio dall'aldilà sarà molto faticoso, ma coronato dal successo: tutte le anime tornano ad essere libere e in pace.

Lord Asriel intanto intraprende la lotta contro il regno dei cieli, dove l'angelo Metatron ha preso il comando. La battaglia si conclude grazie all'inganno che la signora Coulter tende a Metatron e che provoca la morte sia dell'angelo che dei genitori di Lyra, rincongiuntisi in nome dell'amore verso la loro figlia.

Lyra e Will ritrovano Mary Malone che compie, del tutto inconsciamente, la profezia a cui era destinata: racconta ai due ragazzi la sua vita, rivelando loro che lei era una suora che decise di abbandonare la religione innamorandosi di un uomo. La vicenda fa si che Lyra si renda conto della semplicità della vita e del fatto che anche lei ama Will, ricambiata. Ma il loro destino non potrà essere felice.

Nè Lyra nè Will possono vivere in mondi diversi dai loro, perchè i loro daimon non potrebbero sopravvivere ed essi sanno, per averlo provato direttamente, che è impossibile vivere senza le loro anime. Inoltre tutte le finestre che sono state aperte tra i vari mondi dovranno essere chiuse per impedire la dispersione della Polvere, indispensabile alla vita di tutti.

Lyra e Will non fanno quasi in tempo ad amarsi che già sono costretti a separarsi per sempre. Ognuno dovrà vivere nel suo mondo e anche se la vita riserverà loro altri amori, essi non si dimenticheranno mai, e una volta all'anno si troveranno nello stesso luogo, per un'ora, anche se in mondi diversi.

La grandosità dell'idea di Pullam consiste nel creare non soltanto una vicenda fantasy per ragazzi, ma una metafora perfetta del senso della vita umana, libera da qualsiasi tabù religioso. Egli infatti riesce a sovrapporre le rocambolesche e sovente divertenti avventure di due ragazzini con problematiche ben più pesanti quali la vita, la morte , il libero arbitrio e il peccato, questioni che da millenni hanno scomodato pensatori, filosofi e religiosi alla ricerca, del tutto disattesa, di una risposta soddisfacente che dia un senso all'esistenza umana.