La prima testimonianza certa che a S. Margherita d'Adige esiste un campanile, deriva dalla relazione della visita pastorale del 1571.
Il 29 luglio 1686 il campanile cade sopra la chiesa a causa del forte vento e viene riparato dalla Magnifica Comunità di Montagnana. I lavori vengono eseguiti dal 1686 al 1688.
Nel 1779 il campanile ha due campane. Nel 1813 il vescovo ordina l'edificazione di un campanile nuovo. Nel 1880 è arrivato alla cella campanaria. Due anni più tardi il campanile era completato con una cella campanaria per 6 campane che vengono consacrate nel 1884. 
Nel 1943 vengono tolte le campane per esigenze belliche. Nel 1945 l'artiglieria antiaerea operante in zona colpisce per errore la cuspide in rame che viene riparata nel 1948.
Il suono delle campane potrà essere udito con commozione dagli abitanti di S. Margherita d'Adige solo nel 1949 quando furono installate ben 5 campane.
Il campanile oggi misura 30 metri di altezza, fino alla cella campanaria, e 30 fino alla croce della cuspide. 
In tutto 60 metri!