La teoria della medicina, intesa come l'insieme delle conoscenze e delle elaborazioni teoriche del "funzionamento" del corpo umano, del suo rapporto con la Natura, della genesi, diagnosi e cura delle malattie, si sviluppa piuttosto lentamente nell'alto medioevo, dove lacerti della medicina d'epoca classica sopravvivono accanto alle raccolte di rimedi, per poi ricevere un grande impulso tra XI e XII secolo, con le traduzioni dei medici dell'antichità e dei medici e filosofi arabi. Nella seconda metà del XIII secolo la discussione sulle basi teoriche della medicina si può ritenere pressoché completata, anche se nei due secoli successivi si continuerà a commentare e ad approfondire, specialmente in campo anatomico.
Il quadro che qui sarà fornito, seppure molto semplificato, rappresenta l'insieme delle elaborazioni teoriche e dell'affinamento delle tecniche della medicina durante il basso medioevo.