Nella prima cappella a sinistra dell'altare della Madonna, è venerato un Crocefisso miracoloso, opera lignea del XV sec.

Questa cappella fu nel 1571 abbellita con stucchi e pitture opera del m° Ferrante fiorentino, un valente artista dell'epoca, che lavorò anche nel Duomo di Orvieto.

Tutto il lavoro di m° Ferrante è andato distrutto durante i restauri del 1861.

Nella parete, al lato della cappella del Crocefisso, San Pietro martire e S.Tommaso opera di Pompeo Batoni (1751): proseguendo a destra verso l'uscita, la cappella del Sacro Cuore, ristrutturata dall'architetto milanese Giusti nel 1798.

All'interno di essa possiamo ammirare:

Presepe, con figure in legno scolpite da artisti fiorentini e lucchesi (1562-1569); l'inferriata, in ferro battuto, è del sec. XIX;

"S. Pietro salvato dalle acque " attribuito al Brandi, sec. XVIII; Statua lignea del Sacro Cuore di Gesù - arte della Val Gardena (1943). In alto "Padre Eterno" attribuito al pittore viterbese Romanelli(sec. XVII). "Ascensione del Cristo" attribuito al Benefial(sec. XVII).

Nella successiva cappella, tela della Pentecoste del pittore fiammingo Francesco Castelli (1589).

Nell'arco seguente v'era la cappella della Pietà con una Madonna dipinta da fra Paolino da Pistoia (1545) quadro che fu ritirato dai Conti Caprini, vecchi proprietari dell'altare, nei restauri della chiesa della fine del sec. XIX.

La cappella successiva presenta una pala, raffigurante S. Domenico da Guzman, fondatore dell’ordine dei Predicatori, detti perciò anche Domenicani, opera del pittore viterbese Domenico Costa (1828).

Attraverso un bellissimo portale (sec. XVI) facente parte di una delle cappelle laterali distrutti nei restauri ottocenteschi, si accede al Museo degli ex Voto.

Nelle pareti dell'antimuseo vi sono:

"Battesimo del Cristo" scuola di Sebastiano del Piombo (1417) parzialmente distrutto dai bombardamenti su Viterbo (1944)

Angelo Custode attribuito a Pietro Nucci (1709) e Madonna della Quercia con Santi [atribuito a Fra Paolino da Pistoia, 1550?].

Vi sono anche delle pietre tombali del XV-XVI secolo.

Si entra poi nel Museo che raccoglie 206 ex Voto, dipinti su tavolette, che vanno dalla fine del XV secolo alla metà del sec. XIX: è una delle più importanti collezioni italiane, testimonianza della fede e dell'arte popolare .

Nella sala sono presenti numerosi altri oggetti di notevole importanza; tra i tanti un busto di Cristo in terracotta attribuito a Giovanni Della Robbia(sec.XVI).

Un libro è stato edito sugli ex voto presenti nel Museo.

La successiva cappella è detta della Natività, per una tela raffigurante la nascita di Gesù, attribuita al pittore fiammingo Francesco Castelli (1588).

Sopra la porta della chiesa "Decapitazione di Giovanni Battista" di Pietro Vanni, pittore viterbese del sec. XIX.