Che questa cappella esistesse già nella Chiesa della Madonna della Quercia alla fine del XV secolo è testimoniato da un fatto miracoloso accaduto alla B. Lucia da Narni nel 1496.

Infatti nel manoscritto del P. Niccolò M.Torelli (1706), l’autore, parlando della B. Lucia scrive: " …stando un giorno in oratione nella Cappella del Crocifisso fu rapita in estasi per lo spatio di 2 hore con gli occhi aperti fissi al Crocifisso alla presenza di donna Francesca moglie di Leonardo Cybo nipote di Papa Innocenzo VIII, e d’altre donne che sentirono gran contrizione forzate a piangere amaramente, nel qual estasi hebbe la santa molti segreti dal suo Sposo…" (c. 8v)

Nelle cronache della Chiesa della Madonna della Quercia troviamo scritto anche:

" La prima Cappella da i lati che mette in mezzo la Madonna sopra il Presepio è la Cappella del Crocifixio molto bella e devota dove stava un gran Crocifixio di rilievo e è quello che ora [1576] sta sopra la mensa de padri in refettorio [ in una nota è scritto : " e poi fu trasportato nel coro della notte sopra la cappella della Madonna"] dove stette in detta Cappella insino al anno 1571 si levò per che lo spettabile m° Vincentio Mori cittadino fiorentino si contentò di ornare detta Cappella et cominciò a farvi lavorare di stucchi con figure della sagra scrittura a proposito del Santissimo Crocifixio come si vede et è un bellissimo lavoro fatto dallo eccellente stuccatore messer Ferrante fiorentino il quale lavorò gran parte delle Cappelle del duomo di Orvieto et il detto m. Vincentio vi fece dipingere il Cricifixo con quelle altre figure che si vedono da m° Michele de Tosini detto del Grinlandaio il quale si trovava in quel tempo qui a dipingere intorno alla Madonna … et condusse detta tavola molto bene et devotamente …" (vol. 113 c.8)

Da quanto scritto si possono dedurre le vicende della cappella e del grande Crocefisso:

· La Cappella esiste già alla fine del XV secolo;

· nel 1571 la cappella fu rifatta , il grande Crocefisso fu trasportato nel refettorio e al suo posto fu messa una tavola pitturata da Michele Tosini raffigurante la Crocefissione;

· il grande Crocefisso fu trasferito nel corino della notte,dopo la sua costruzione nel 1629(vol.113 c. 68v).

· Successivamente , nel 1691, la cappella del Crocefisso fu utilizzata per custodire il SS. Sacramento ; infatti:

" e perché riusciva di gran incomodo alla chiesa che il SS.mo stasse in choro… fu decretato di trasferirlo e porlo alla Cappella del Crocefisso come fu fatto a di 25 marzo 1691 con haver accomodato meglio che si poteva detto altare…"(vol. 113 c. 94)

· Nel Dicembre del 1727 il Sig. Garofolino, orefice, fu pagato per fare dei lavori al tabernacolo della Cappella del Crocefisso che fu fatto d’ebano.(vol.359 c.17)

· Il 10 ottobre del 1773 fu fatta la balaustra in marmo della Cappella dallo scalpellino m° Bartolomeo Zei e costò scudi 8 e baiocchi 10 (vol.201 c.210)

· Poi: " … Ricordo come adi dieci nove dicembre 1780 fu trasferito il Crocefisso che stava in Corino e posto nella Cappella del Sacramento avendoci però anticipatamente fatti i seguenti bonificamenti, cioè foderata la nicchia di cassa d’albuccio, inoltre foderata di tela e poi ricoperta di damasco violaceo con cocciniglia, ed adornata di trina, o sia gallone d’oro, fu rinovata la croce filettata d’oro con una raggiera La fascia del Crocefisso ridonata assieme colla diadema. L’altare in oltre fu aggiustato, vi fu fatto nuovo il ciborio dipinto tutto, ed inverniciato con li specchi laterali all’altare. Fu il Ciborio foderato di lama d’argento ricamato a oro e seta e la porticina d’argento in lastra cesellata dalla parte esteriore dall’argentiere Natalizi viterbese.La cornice posta in contorno della nicchia che impedisce vedere il ferro della tendina, tutta dorata fatta a spese del Padre Fr. Gundisalvo Romanelli figlio del convento di Gradi attuale baccelliere in questo studio.

Il tutto è stato a spese del convento quanto de benefattori. " (AGOP- Roma , S. Sabina-Cronica Conventus Sanctae Mariae de Quercu, XI9400,c.273v)

· Successivamente:

" Giugno 1781

Ricordo in questo stesso mese sono state fatte le cartaglorie piccole d’argento all’altare della miracolosa Immagine del Crocefisso, la quale in tempo del mio antecessore fu levata dal corino della notte e fatta la nicchia, il tendone riattato l’altare con un nuovo ciborio di pietra stabile e sua porticina d’argento fu posto nella Cappella del Sacramento dove al presente si venera con gran devozione ed acciò il tutto andasse in corrispondenza furono ordinate e fatte le sopradette carta gloria dal sig. Natili argentiere di Viterbo [ il costo fu di scudi 17]( vol.356, c.73v)

• Nei restauri eseguiti tra il 1868 e il 1880, sotto la direzione dell'architetto Busiri Vici,  l'altare del Crocefisso fu trasformato e sistemato come attualmente si vede.