Tre ragazze di Tokyo, Luce, Marina e Anemone, sono chiamate su Sephiro dalla Principessa Emeraude, che vuole salvare il suo Regno dalla distruzione. Le tre ragazze credono di combattere al fianco della bella Principessa contro Zagato, ma piu' in la' scoprono che invece la loro missione consiste nel sacrificare la Principessa, dietro espresso desiderio di lei.
Il motivo e' da ricercare nella natura del potere detenuto dalla Principessa stessa: Emeraude non e' una Principessa come tante, ma e' il Nucleo o Colonna Portante del regno. Cio' significa che lei non puo' fare altro che pensare alla prosperita' del paese, senza distrarsi da tale compito, altrimenti Sephiro conoscera' distruzione e morte. Ma la Principessa si e' innamorata di Zagato e adesso il regno e' in pericolo, poiche', come si sa, quando si ama, si pensa all'oggetto del proprio amore. Emeraude, consapevole che il suo Amore e' deleterio per il suo regno, decide di porre fine alla sua vita. Il modo per farlo e' risvegliare i potenti Managuerrieri. I Managuerrieri potranno essere risvegliati solo dai Cavalieri Magici: ecco che Luce, Marina e Anemone si inseriscono nella vicenda. Sono loro tre, ragazze terrestri, i Cavalieri Magici predestinati a risvegliare i Managuerrieri e salvare Sephiro. Scoperta la verita' sulla loro missione, le tre la porteranno a termine molto a malincuore. E questo avra' delle conseguenze importanti nella seconda parte della storia. Sacrificata Emeraude, che si congiunge finalmente con Zagato (nell'anime si dice che i due vanno in una dimensione in cui potranno stare per sempre insieme, ma e' una invenzione: Emeraude e Zagato muoiono), Luce, Marina e Anemone tornano sulla Terra. Ma non per molto.
Sephiro e' in pericolo: non ha piu' la sua Colonna che lo protegge ed e' necessario trovare il nuovo Nucleo che prendera' il posto di Emeraude. Le tre ragazze devono aiutare Guru Clef (il saggio) e gli altri abitanti del regno a trovare appunto il Nucleo. Sephiro sta morendo e bisogna intervenire subito. Inoltre tre popoli confinanti vogliono invadere Sephiro: Autozam (guidato da Eagle), Chizeta (guidato dalle Principesse Tata e Tatra), e Pharen (guidato dalla Principessa Aska).
Sanno che il prescelto diventera' la Colonna Portante di Sephiro, ma non capiscono che si tratta di un vero e proprio sacrificio. Compare un nuovo personaggio: Lantis, fratello di Zagato. Lui vuole eliminare i Cavalieri Magici.
Luce non riesce a perdonarsi per avere sacrificato Emeraude, e dalla sua anima si stacca una specie di Alter Ego: il suo senso di colpa da' vita a Nova. Nova e' la personificazione di cio' che di triste e negativo c'e' nel cuore di Luce ed e' stata creata da Devonair. Anche Nova ha un robot tutto suo e lo uso contro tutti coloro i quali sono amici di Luce, perche' ne e' gelosa. Soprattutto si scaglia contro Lantis, che nel frattempo si e' innamorato, corrisposto, di Luce. Lo imprigiona nel suo robot e cosi' nessuno osera' attaccarla per non uccidere Lantis. Eagle, anche lui invaghitosi di Luce, si sacrifica, attirando su di lui l'ira di Nova, per permettere a Luce di liberare Lantis. Devonair sfrutta Nova fin dal primo momento, e quando si capisce che i Cavalieri Magici (Luce, Marina e Anemone) con i loro Managuerrieri (Rayearth, Ceres e Windam) sono piu' forti di Nova, l'abbandona a se stessa: cosi' Luce le parlera', compreso che la morte di Emeraude era necessaria e che lei ha fatto il suo dovere, e Nova rientrera' nel suo cuore. I Managuerrieri infine scagliano l'attacco finale a Devonair, che viene annientata. Il nuovo nucleo si e' nel frattempo formato: e' Luce. Ma lei e' consapevole del grande sacrificio che si impone a chi e' la Colonna Portante di Sephiro e, con l'appoggio di Guru Clef, usa il suo potere per eliminare la figura del Nucleo, lasciando a tutti gli abitanti, e non piu' solo ad una persona, il compito di proteggere e difendere Sephiro. Luce, Marina e Anemone tornano cosi' sulla Terra, dopo un breve addio agli amici che avevano aiutato. Luce e Lantis si dichiarano il loro amore, che pero' non li porta a nulla, perche' sono di due mondi diversi. Ferio era innamorato di Anemone e, a quanto si capisce, corrisposto, mentre anche tra Marina e Guru Clef stava nascendo qualcosa. Ma tutto finisce li', cosi'. Un anno dopo le ragazze vedranno, dalla torre dove tutto era cominciato, Sephiro, che e' ritornato all'antico splendore.

"E' uno stupendo giorno alla torre di Tokyo; diverse scuole sono venute qui in gita. Luce sta guardando il panorama con un telescopio a monetine quando scade il tempo e una ragazza di un'altra scuola le presta una moneta. Luce, così, corre dietro alla ragazza per ringraziarla e incontra una terza ragazza di un'altra scuola ancora quando, all'improvviso, fuori esplode una sfera di luce e compare la principessa Emeraude che implora aiuto"
 

Una porta socchiusa ai confini del sole (canta C.D'Avena)

In un regno leggendario c'e' una principessa
fiera bella e coraggiosa proprio come una leonessa
Ma la dolce principessa adesso e' prigioniera
e tutto il regno si dispera e cerca chi la salvera'

Sulla Terra tre ragazze semplici e gioiose
fanno un viaggio inaspettato in un'altra dimensione
Quando scoprono che il regno non e' un'illusione
insieme fanno la promessa di salvar la principessa

E' un regno pieno di misteri e di magici pensieri
Salendo ripidi sentieri arriverai lassu'

Una porta socchiusa ai confini del sole
che puo' aprirsi soltanto con un soffio d'amore
Amore profondo che ci viene dal cuore
si', dal nostro cuore

Chi si lascia guidare
sai la puo' spalancare
e guardare al futuro

Per tagliare il traguardo
devi alzare lo sguardo
e sentirti sicuro

Una porta socchiusa ai confini del sole
che quando si apre dona gioia e liberta'

Certe volte le ragazze hanno un po' paura
ma lo stesso vanno avanti tutte e tre in quest'avventura
Per aprire insieme quella porta che e' socchiusa
e mantenere la promessa di salvar la principessa

E' un regno pieno di misteri e di magici pensieri
Salendo ripidi sentieri arriverai lassu'

Una porta socchiusa ai confini del sole
che puo' aprirsi soltanto con un soffio d'amore
Amore profondo che ci viene dal cuore
si', dal nostro cuore

Chi si lascia guidare
sai la puo' spalancare
e guardare al futuro

Per tagliare il traguardo
devi alzare lo sguardo
e sentirti sicuro

Una porta socchiusa ai confini del sole
che da' verso la liberta'
la liberta'

Una porta socchiusa ai confini del sole
che puo' aprirsi soltanto con un soffio d'amore
Amore profondo che ci viene dal cuore
si', dal nostro cuore

Chi si lascia guidare
sai la puo' spalancare
e guardare al futuro

Per tagliare il traguardo
devi alzare lo sguardo
e sentirti sicuro

Una porta socchiusa ai confini del sole
che da' verso la liberta'

Una porta socchiusa ai confini del sole