Le prime bandiere presidenziali del Madagascar corrispondevano alla bandiera nazionale con la striscia bianca caricata in alto delle iniziali del paese R.M., in basso di quelle del presidente e, in mezzo, dell'emblema di stato. Le iniziali Ph.T. si riferivano a Philibert Tsiranana in carica dal maggio 1959 all'ottobre 1972, poi sostituite da quelle del suo successore Gabriel Ramanantsoa (G.R.), in carica fino al 1975. L'emblema vi compariva tutto in gallo-oro oppure nei colori propri, come nelle esemplificazioni qui sopra.



L'emblema di quel periodo fu adottato il 24 dicembere 1959. Esso mostrava la chioma dell'"albero del viaggiatore" (Ravenala madagascariensis) tipico del Madagascar e già presente sulle armi della regina Ranavalona; in basso, tra due spighe di riso, la testa di un toro, simbolo dell'antico regno di Menabe (preferito allo zebù dei re malgasci troppo compromessi con i francesi). Intorno, sull'anello rosso, la scritta fahafahana, tanindrazana, fandrosoana, "libertà, patria, progresso" e il nome del paese.

c. 1972-1975

Presumibilmente dal 1972. con l'insediamento di Gabriel Ramanantsoa, il verso della bandiera presidenziale si differenziò dal recto, recando in oro lo stesso motto dello stemma, disposto su due linee ad archi contrapposti.

Nel 1992 una nuova crisi istituzionale determinò la fine della repubblica democratica. La nuova costituzione, del 19 agosto 1992, ratificata il 27 marzo 1993, portò un nuovo presidente e nuovi simboli. Sulla bandiera presidenziale tornarono le iniziali R.M. dello stato, ma l'emblema fu spostato sul punto d'incontro dei tre colori. Le iniziali Z.A. si riferiscono al presidente Albert Zafy (invertite: cognome e nome), in carica dal marzo 1993. Zafy fu deposto nel settembre 1996 e, dopo un periodo di turbolenze, nel febbraio 1997 fu richiamato Didier Ratsiraka (D.R.), che sarebbe stato a sua volta destituito nel 2002 a favore di Marc Ravalomanana. Tuttavia dal 2002 in poi non si hanno più notizie attendibili sulle bandiere presidenziali, probabilmente a causa della forte instabilità istituzionale del paese. D'altra parte, stando all'iconografia disponibile, sembra che il presidente sia di solito accompagnato dalla bandiera nazionale, senza simboli e scritte.

  
1992-c. 1998                                                                          da c. 1998

La costituzione del 19 agosto 1992 stabiliva anche il nuovo emblema di stato. Esso riprendeva a grandi linee il modello del 1959, con l'aggiunta al centro della mappa del paese in rosso e in basso una rappresentazione in verde dei campi di riso; rossa anche la testa del toro; il motto, nella versione tanindrazana, fahafahana, fahamarinana, "patria, libertà, giustizia" era posto in un settore a semicerchio in basso. I colori erano gli stessi della bandiera nazionale, bianco, rosso e verde. Tuttavia, verso il 2000 (probabilmente nel 1998) i colori furono cambiati (il fondo diventò giallo), il disegno si fece più stilizzato e il motto corretto in tanindrazana, fahafahana, fandrosoana, "patria, libertà, progresso". Quest'ultimo emblema è quello tuttora in uso.

1992-c. 1998

Seguendo l'uso invalso dai primi anni '70, il verso della bandiera presidenziale recava il motto di stato, uguale a quello scritto sull'emblema di stato. Dal 1992  fu tanindrazana, fahafahana, fahamarinana, e così sino a circa il 1998, quando la dicitura sull'emblema fu modificata. Dopo il 1998 non si hanno notizie sicure circa il retro della bandiera. Le versioni riportate con il motto corretto sull'emblema giallo e quello ancora da correggere sull'altro lato del drappo non sembrano attendibili.