Il fattore XIII si trova in due forme: quella libera nel plasma, costituita da un tetramero con due catene "a" e due catene "b" (ricche di carboidrati) e la forma presente nelle piastrine, che ha un peso molecolare pari a circa la metà della forma libera e presenta solo due catene a. Il fattore XIII viene attivato da un taglio Ca⁺⁺-dipendente operato dalla trombina, che comporta il rilascio di un peptide di 37 aminoacidi.