L'Intertoto nasce nel 1961 come strumento per incrementare i guadagni dei clubs durante il periodo estivo. Ideata dall'austriaco Karl Rappan (CT della Nazionale Svizzera) diviene nel tempo una competizione semi-ufficiale alla quale partecipavano squadre di media classifica provenienti dalla Scandinavia e dall'Europa dell'Est. Le prime edizioni di questa competizione si giocarono secondo un tabellone che prevedeva una fase finale e un vincitore. La prima Intertoto Cup fu vinta dall'Ajax. Dal 1967 la Coppa cambia formula, eliminando la fase finale: le squadre inglesi, italiane e spagnole, per molti anni, snobbarono la competizione che divenne un semplice allenamento estivo. Dal 1995 l'Uefa decide di ridare valore a questa Coppa assegnando alle 2 vincenti un posto nel tabellone principale di Coppa Uefa, e diventando così una grande opportunità, per molte squadre, di farsi conoscere a livello europeo. Il numero di squadre partecipanti per ogni paese viene stabilito dall'Uefa secondo i parametri del ranking Uefa. Nel 1996 il numero di squadre vincitrici viene elevato a 3.

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