-2° Giorno-
Valutazione della concentrazione di DNA attraverso metodo elettroforetico

Procedimento:
Usando lo stesso campione del giorno precedente è stata effettuata una corsa elettroforetica, comparando il plasmide tagliato con XbaI e non tagliato.

Note risultati e conclusioni:
L'elettroforesi viene effettuata su gel di Agarosio 0.8% che ha una capacità di separare frammenti dai 0.4Kb ai 50Kb, per frammenti più piccoli si usa un gel di poliacrilammide, per frammenti maggiori si usa la tecnica pulse filter elettroforesis.
I frammenti si separano per dimensione, essendo ricoperti di cariche (dati dai fosfati ionizzati) e disposti in un campo elettrico che li fa migrare attraverso le maglie del gel. Questo causa la formazione di bande contenenti DNA con stessa dimensione.
Per la colorazione dei campioni dopo corso elettroforetica, i gel vengono immersi in una soluzione contenente Etidio di bromuro, un intercalante che emette luce a 590 nm (giallo-arancio) sotto l'illuminazione con UV. L'intensità della luminosità delle bande è proporzionale alla quantità di DNA presente in quella banda
Viene usato, in questo esperimento, un ladder, marker, risolutivo sia per dimensione che per peso dei frammenti.
Come si può vedere dall'elettroforesi osserviamo nel plasmide non tagliato diverse forme di superavvolgimento. Poiché conosciamo la quantità di DNA nella banda del ladder vicino al tagliato (pari a 125ng), si può stimare che poiché la luminosità della banda del plasmide linearizzato è di circa tre volte maggiore del ladder, anche la quantità sarà circa tre volte più grande, pari a quindi, 375ng.