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Written by:Frank Spotniz

Directed by: Rob Bowman

All'interno del cento ricerche sul morbo di Hansen, truppe armate radunano e uccidono numerose creature umanoidi di aspetto insolito. Mulder si trova sul tetto di un treno in corsa, mentre Scully interroga Mr.X su come aiutarlo. Mr.X risponde che se vuole sapere qualcosa su quel treno e su sua sorella deve scoprire che cosa le hanno messo nel collo.

Mulder raggiunge il capotreno e gli chiede di farlo entrare nello scompartimento del dott. Zama. Qui trova solo un diario scritto in giapponese. Intanto Scully viene a sapere da Pendrell che il chip sembra imitare i processi della memoria in un cervello umano. Inoltre, il chip è di produzione giapponese e una partita di questi congegni è stata inviata al dott. Zama.

Sul treno, l'Uomo dai Capelli Rossi uccide Zama in una toilette. Trovato il cadavere, Mulder consegna una pistola scarica al capotreno con l'istruzione di bloccare eventualmnte l'assassino, e si lancia alla sua ricerca.

Scully si reca al centro ricerche mediche, dove scopre diversi lebbrosi. Questi la accompagnano alla fossa comune, ma sopraggiungono delle squadre armate a l'agente viene catturata.

Mulder arriva al vagone speciale, dove vede una forma aliena nell'oscurità. L'Uomo dai Capelli Rossi cerca di strangolarlo, ma interviene il capotreno e li chiude entrambi nel vagone. Mulder recupera la sua arma. L'aggressore dichiara di lavorare per la National Security Agency e spiega che sul vagone c'è una bomba.

Scully incontra un membro del Sindacato Ombra che le spiega che le creature sono il risultato di un esperimento disumano. Scully, in sua presenza, chiama il cellulare dell'Uomo dai Capelli Rossi, per poter parlare con Mulder. Scully gli spiega che la figura nel vagone non è un alieno: Zama aveva condotto esperimenti sui lebbrosi; il soggetto sul vagone è affetto da febbri emorragiche, quindi migliaia di persone morirebbero se la bomba esplodesse.

Mulder è scettico, ma trova la bomba: mancano 100 minuti all'esplosione. L'agente dice al capotreno di sganciare il vagone in una zona poco popolata. Mulder pensa che il dott. Zama avesse scoperto un agente immunitario contro le armi biologiche e che il governo non voleva dividere con nessun altro stato questa scoperta e che il soggetto nel vagone sia un ibrido umano-alieno. Scully cerca inutilmente di mettersi in contatto con il senatore Matherson e con Mr.X. quando mancano ormai pochi minuti all'esplosione, chiama Mulder: osservando il video dell'autopsia dell'alieno ha individuato il codice di uscita, e Mulder lo inserisce. L'Uomo dai Capelli Rossi colpisce Mulder e gli fa perdere conoscenza, ma appena fuori dal vagone si sente uno sparo: è Mr.X. L'uomo si carica in spalla Mulder e lo porta in salvo, mentre il vagone esplode.

Una settimana dopo, Mulder tenta inutilmente di avere informazioni sul vagone, ma anche il senatore Matherson lo evita. Recupera una diario in giapponese, ma non è quello che aveva rinvenuto sul treno. Nel frattempo un giapponese, in presenza dell'Uomo che fuma, trascrive il vero diario del dott. Zama.

Retroscena: il codice di uscita dal vagone è 101331, le prime quattro cifre rimandano alla casa di produzione di Chris Carter, la Ten-Thirteen. Il codice di accesso 1111471, già apparso come parte del numero di distintivo di Mulder in F. Emasculata e che apparirà come numero di registrazione del P51 Mustang in Piper Maru, non ha invece nessun significato.

L'ambientazione all'interno del treno ha creato molte difficoltà di produzione in quanto ha richiesto la ricostruzione dell'interno del vagone speciale e anche di qualche vagone letto. Le scenografie sono poi state fatte ondeggiare su dei tubi per creare il movimento ondulatorio del treno. Il vagone esploso era invece un autentico vagone ferroviario destinato alla demolizione. Per l'esplosione, quasi tutte le parti in metallo sono state rimosse e sono state usate 120 cariche di polvere esplosiva e 170 litri di benzina. Anche la fossa comune ha creato non poche difficoltà: 25 attori con maschere e trucco dovevano riempire lo strato superiore, sopra altrettanti cadaveri di scena truccati; tutto questo è stato creato in soli 5 giorni.

In questo episodio la frase The Truth is Out There è stata sostituita con Apology is Policy (scusarsi è politica), ispirata a Carter dalle scuse del governo degli Stati Uniti dopo la scoperta di esperimenti segreti dove cittadini ignari venivano esposti a radiazioni. Il titolo, 731, rimanda alla squadra di scienziati giapponesi che durante la 2° Guerra Mondiale compì esperimenti terribili su prigionieri di guerra; questi scienziati potrebbero aver avuto asilo negli USA dopo la fine della guerra per proseguire gli esperimenti.