Little Green Men

Written by: Glen Morgan and James Wong

Directed by: David Nutter

L'episodio inizia con la descrizione fuoricampo della sonda Voyager, inviata alla ricerca di altre forme di vita nello spazio. Nel frattempo la sezione X-Files è stata chiusa e Mulder e Scully sono stati assegnati ad altri incarichi; i due agenti si incontrano nel parcheggio del Watergate Hotel, prendendo tutte le precauzioni in quanto pensano di essere seguiti.

Il senatore Matherson, l'appoggio di Mulder al Congresso, convoca l'agente e gli dice di recarsi al più presto in una località di Portorico, infatti ha solo 24 ore prima dell'arrivo di una squadra dei Berretti Blu per il recupero UFO.

Informata della scomparsa di Mulder, Scully riesce ad inserirsi nel suo computer indovinando la password (TrustNo1) e, dopo aver seminato gli agenti che la pedinavano, raggiunge Portorico.

Intanto Mulder raggiunge la località indicata, dove trova un uomo terrorizzato, questi, dopo il manifestarsi di un rumore assordante, fugge nella giungla, dove Mulder lo ritrova morto di paura.

Una luce accecante invade la stanza dove si trova l'agente, la porta chiusa a chiave si spalanca e Mulder vede una sagoma sottile. Scully trova il partner privo di sensi, a lui le assicura che il suo incontro ravvicinato è documentato dai nastri registrati. Poco dopo però i due sono costretti a scappare a causa dell'arrivo di una squadra di recupero.

Skinner strapazza duramente Mulder per aver abbandonato l'incarico che gli era stato assegnato. L'Uomo che Fuma minaccia l'agente, ma Skinner lo caccia dall'ufficio.

Mulder scopre che il nastro con le registrazioni è invece vuoto, probabilmente si è smagnetizzato. Mulder si consola dicendo a Scully: "non ho più gli X-Files, ma ho ancora il mio lavoro. E ho te, e ho me stesso."

Retroscena: Raymond J. Barry interpreta il senatore Matherson, contatto di Mulder al congresso; in realtà gli autori avrebbero voluto che lo interpretasse Darren McGavin. Il senatore Matherson deve il suo nome al celebre scrittore di fantascienza e horror. I produttori hanno anche tentato senza successo di ospitare la star della serie The Night Stalker, fonte d'ispirazione per X-Files, nel ruolo del padre di Mulder. Nella scena in flashback del rapimento di Smantha, Mulder ha dei diversi ricordi rispetto a quelli di Conduit (1x03), questo è dovuto al fatto che i ricordi sono dovuti a una terapia di ipnosi regressiva, che può alterare i ricordi stessi. La lista dei passeggeri che Scully esamina mentre cerca Mulder contiene i nomi di molti X-Philes attivi in rete, per esempio quello di Charles L. Grant, autore dei primi romanzi ispirati alla serie.