Per rendere nuovamente visibile i File nascosti/sistema andare sul Registro posizionati sulla chiave:

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion...
\Explorer\Advanced

assicurati che sulla destra il valore Reg_Dword "Hidden" sia impostato a 1. se hai il valore reg_sz "Hidden" cancellalo.

Infine posizionati sulla chiave:

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion...
\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\SHOWALL

nel riquadro di destra c'č un chiave di nome CheckedValue di tipo REG_DWORD
doppio click sopra e in dati valore metti 1.

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In alternativa, salvare su disco questo file di registro e installarlo con il Doppio click.

Se ancora non funziona, provate a risolvere con queste due Utility Microsoft:

Abilita la visualizzazione dei Files Nascosti : Microsoft Fixit 50362.msi

Disabilita la visualizzazione dei Files Nascosti : Microsoft Fixit 50363.msi