Con una tradizione cantieristica risalente all'epoca romana, numerose erano le imbarcazioni a vela che ai primi del '900 nascevano nei vari cantieri varazzini. Molti giovani locali si appassionarono quindi allo sport velico, che praticavano a bordo di piccoli scafi denominati "chiattine", e diedero vita ad un club denominato "Argus".

 
Imbarcazione prodotta dai Cantieri Baglietto ai primi del '900

A loro si unirono alcuni "scignúi" genovesi che avevano in Varazze le loro residenze di vacanza, e nel 1919 fu costituito il Varazze Club Nautico, con sede sociale presso i Cantieri Baglietto. Nel 1922 si associa al Regio Yacht Club Italiano che nel 1927 da origine alla Federazione Italiana Vela. Nel 1929, divenuto nel frattempo Varazze Circolo Nautico, veniva ufficialmente affiliato alla neonata Federazione con il numero progressivo 09 che conserva ancor oggi e che ne fa il più vecchio club velico del Ponente ligure.

 
L'imbarcazione Glin-glin, 1923

L'attività del club proseguì a bordo delle imbarcazioni classe "Lega Navale" 3,50 e 4 metri, eredi delle "chiattine" alle quali si unirono le derive serie 6 metri, 8 metri, e 18 piedi. Negli anni '30 fece la sua comparsa un nuovo scafo monoposto, la "Lupa", piccola lancetta che formò allo sport della vela una nuova generazione di timonieri fra i quali i vari Carattino, Oderigo, Gambetta, Ansaldo e tanti altri. Venne quindi l'epoca dei gozzi a vela classe "Argus", scafi molto competitivi sia a vela sia a remi.

 
Il 18 piedi "Lyda"

Nel 1946, dopo una stasi nell'attività provocata dal periodo bellico e dopo aver riassunto la denominazione di Varazze Club Nautico, partecipò all'assemblea nazionale costitutiva dell'Unione Sport Velico Italiano (USVI) della quale fu uno dei primi aderenti. Fra il 1945 e il 1947 le "Lupe" furono trasformate in vere e proprie barche da regata che assunsero il nome di "Sirene" con le quali i soci del club conquistarono numerosi allori.

 

 
La Lupa "Laura"

Nei primi anni '50 nascono le classi Dragone e 5,50 Stazza Internazionale, con le quali alcuni atleti del club, Antonio Carattino, Domenico Carattino, Giuseppe Carattino, e Carlo Maria Spirito, partecipano alternativamente ai Giochi Olimpici di Helsinki 1952 e Melbourne 1956. Il periodo '50-'60 vede la partecipazione costante degli equipaggi varazzini a competizioni di livello mondiale nelle diverse classi Stazza Internazionale in Spagna, Svezia, Finlandia, Inghilterra, Italia, Svizzera, Germania e Francia.

 
Il 5.50 "Twins" in regata a Genova

Nel 1952 era intanto nato il "Flying Dutchman", i cui primi esemplari italiani avevano visto la luce presso i Cantieri Baglietto. Anche con questa imbarcazione i soci del club primeggiarono in numerose regate di livello nazionale e mondiale.

 
Una regata di Star del 1947
Fino ai primi anni '60 il club non aveva mai avuto una base nautica stabile. La costruzione del Porticciolo Turistico apriva nuove possibilità logistiche ma la burocrazia impediva al Varazze Club Nautico, in quanto Ente privato, di ottenere una concessione demaniale. Per superare quest'ostacolo venne trovato un accordo fra la dirigenza del club e le presidenze della Lega Navale e dell'USVI (quest'ultima nel 1965 assume la denominazione di Federazione Italiana Vela): nell'ambito del Varazze Club Nautico veniva costituita una delegazione della Lega Navale, e fu così possibile ottenere in concessione la spiaggia prossima al molo di sottoflutto del porticciolo.  
Imbarcazioni Classe "S" in regata a Varazze alla metà degli anni '50
 
Con la trasformazione della delegazione in sezione Lega Navale il Varazze Club Nautico prosegue la propria attività nell'ambito della stessa in qualità di Gruppo Sportivo Vela. Accanto allo sport velico si sviluppano altre attività quali la pesca sportiva e il canottaggio. Nei primi anni '70 compaiono i primi "Optimist", piccole imbarcazioni che consentono di avviare alla pratica della vela i bambini a partire dai sei anni di età. In questo periodo alcuni soci ricoprono importanti incarichi federali e nell'ambito di alcune Associazioni di classe. Nello stesso periodo il club iniziò un'intensa collaborazione con il Provveditorato agli Studi che portò all'organizzazione di numerosi corsi di vela a favore degli allievi dei vari Istituti scolastici, dai quali sono usciti numerosi giovani che ancor oggi si distinguono nelle regate delle diverse classi.  

Metà anni '70: al traino della goletta "Varagine" numerose barche del VCN si dirigono a una regata
Con l'avvento dell'Optimist la Scuola Vela prende nuovo impulso
La costruzione del porto da un impulso all'attività nel settore della vela d'altura permettendo fra l'altro l'organizzazione di numerose regate anche di livello nazionale. Nel settore delle derive il buon livello organizzativo del club porta la Federazione ad assegnare al sodalizio numerose regate fra cui i Campionati Italiani classi Contender, Juniores Flying Junior, 420, oltre alla fase nazionale dei Giochi della Gioventù classe Optimist. Fra i risultati sportivi degli anni '70-'80 il club può annoverare alcuni titoli italiani sia nelle derive sia nella vela d'altura.
Fine anni '70: regata zonale Flying Junior a Varazze
Incompatibilità statutarie portarono nel 1991 a una scissione fra la sezione Lega Navale e il Varazze Club Nautico. Per quest'ultimo si apriva un difficile periodo dovuto, fra l'altro, alla mancanza di un'adeguata base nautica. Quale soluzione temporanea i Cantieri Baglietto mettevano a disposizione la loro spiaggia, consentendo il prosieguo dell'attività sportiva e didattica, e l'organizzazione d'importanti regate fra le quali un Campionato Italiano classe Flying Dutchman. In quegli anni furono acquistati alcuni scafi della nuova classe d'interesse federale denominata "L'Equipe", scafo a due destinato alla formazione di giovani equipaggi, con il quale gli allievi del club si sono distinti in campo nazionale.
Una regata Laser nei primi anni '80; l'arrivo di nuove classi dava un notevole impulso all'attività agonistica
 

Nel 1993 il club rilevava una concessione in prossimità del Porticciolo Turistico, che per una decina di anni costituisce la sede sociale e la base nautica. Nel 1994 festeggiava i primi 75 anni della propria esistenza. Grazie all'instancabile opera di alcuni Soci la sede viene migliorata e l'attività man mano riprende vigore. Nel 1999 il Varazze Club Nautico ha festeggiato i propri ottant'anni di vita con una serie di manifestazioni, fra le quali una regata nazionale per le classi 470 e 420. In occasione dell'anniversario il Comitato Olimpico Nazionale Italiano ha conferito al club la "Stella d'Argento al Merito Sportivo" per l'attività svolta e i risultati conseguiti.
Accanto all'attività sulle derive, il VCN ha sempre allineato numerosi cabinati in regate di varia importanza
L'albero dei segnali è l'ultimo testimone a lasciare la base nautica
Nei primi mesi del 2003, a causa dell'inizio dei lavori per la realizzazione del nuovo Marina di Varazze, il circolo si trova nuovamente costretto a traslocare la propria sede, trovando collocazione sul Lungomare Europa in prossimità della Villa Araba. Nonostante le difficoltà che questo trasferimento ha creato l'attività è proseguita con la scuola vela, i campi A.D.G. e l'organizzazione di regate zonali.
L'attuale Sede sociale è inserita nel contesto del Marina di Varazze e la base nautica è situata sull'arenile a levante del molo di sottoflutto.