Il problema conservativo più grave è quello dell'umidità di risalita dovuto ad infiltrazioni sul piano sotto pavimento, ricco di sali solubili, una condizione questa tutt'altro che superata e che ha contribuito pesantemente a conferire al ciclo pittorico consistenti perdite e il generale disordine.
Dai quattro gradini in mezzo navata è spesso possibile rilevare una fuoriuscita d'acqua, questi gradini sono in corrispondenza del pozzetto di raccolta sulla strada e del terrapieno rialzato sul cortile interno, sul quale scola il pluviale di scarico di mezza copertura del Duomo. Tale terrapieno è per una buona porzione più alto del piano interno della chiesa ed ha una pavimentazione in cemento molto fessurata che fa filtrare sul terreno grande quantità d'acqua non consentendone poi l'evaporazione. Questa situazione porta alla presenza di una grande quantità di umidità nel terreno sotto la pavimentazione della chiesa, sicuramente piena di sali solubili, quindi questi vengono poi trasmessi alle pareti per risalita.
Risulta quindi indispensabile, quanto prima possibile, allontanare l'acqua del pluviale dal terrazzo in questione e incanalarla oltre e, se possibile, rimuovere anche il terreno interno al terrazzo per risanare meglio la muratura. Indispensabile è anche ripristinare l'ultimo pluviale
esterno del Duomo, sulla strada verso le sette chiesette, che ora risulta schiacciato e fuoriuscito dal collettore di deflusso, per allontanare l'acqua del tetto dalla muratura.