Il progetto eMule nasce il 13 maggio 2002 grazie al programmatore tedesco Hendrik Breitkreuz, conosciuto come Merkur, perché insoddisfatto del client eDonkey2000. Merkur radunò intorno a se altri sviluppatori con lo scopo di creare un programma eDonkey-compatibile ma con molte più funzioni. Il programma si afferma rapidamente come client di punta sulla rete grazie alle sue caratteristiche innovative.