Il Solo set della Stazione costò alla Paramount ben 3 milioni di dollari, per non parlare dell'episodio pilota che costò 12 milioni (sempre in dollari). Questo fà capire come alla Paramount tenessero a questa serie. Nessuno però avrebbe saputo che quello scontro sarebbe stato solamente il preludio a qualcosa di più disastroso. Infatti poco tempo dopo scoppia una feroce guerra, una guerra dove la Federazione, i Klingon e i Romulani rischiano rischiano una clamorosa quanto mai vicina sconfitta.Prima la "Serie Classica", poi "The next Generation". Quest'ultima in particolare si è dimostrata molto redditizia, tanto da spingere la Paramount (Major Americana detentrice dei diritti di Star Trek) a provare a replicare questo successo con una nuova serie di Star Trek; Star Trek "Deep Space Nine".
Vollero però provare una novità. In questa nuova serie non raccontarono più storie su di una nave stellare e sul suo equipaggio, trasferirono quindi le storie a bordo di una Base Spaziale in un orbita fissa.
Questa Stazione Spaziale, chiamata per l'appunto "Deep Space Nine" è localizzata nello spazio Bajoriano in uno sfondo di guerra contro i Cardassiani (Coma abbiamo visto nell'episodio di TNG "Il guardiamarina Ro). Questa stazione fù costruita dai Cardassiani durante il periodo della loro occupazione del Pianeta Bajor. Alla fine delle ostilità (Arrivate dopo una mediazione della Federazione) i Cardassiani lasciano Bajor e si ritirano nel loro spazio. La Federazione, immediatamente invia del personale su "Deep Space Nine" (Chiamata dai cardassiani "Terok Nor") per far im modo di verificare l'effettiva ritirata dei Cardassiani e aiutare i Bajoriani in una ripresa economica, culturale e spirituale."Deep Space Nine" comunque non è una base Federale, ma è Bajoriana, e la Federazione si trova lì solamente per sovrintendere alla ripresa di Bajor e ad una futura annessione di questi proprio nella Federazione.
La Federazione è stata chiamata qui dal nuovo Governo "provvisorio" Bajoriano.
Nell'episodio pilota (Raccontato in questo stesso numero) scopriamo che vicino al pianeta Bajor, c'è un tunnel Spaziale che collega al quadrante Gamma. Deep Space Nine, attraverso i suoi motori viene posizionata vicino all'entrata di questo e subito la zona assume un elevata importanza strategica per la Federazione dato che apre un nuovo quadrante all'esplorazione e alla colonizzazione di nuovi mondi.
Ma non è tutto oro quello che luccica, e ben presto da questo quadrante appare una minaccia ben maggiore di quella dei Borg, una minaccia chiamata Dominio.
Dopo il primo scontro con i soldati di questo vasto impero, i "Jem'Hadar", dove la Federazione perde una nave di classe Galaxy in pochi secondi (attraveso una manovra "kamikaze" di un caccia Jem'Hadar), la Flotta Stellare assegna una nave da guerra alla stazione. Questa nave è la Defiant, una nave sperimentale progettata dallo stesso Sisko (Il comandante Federale della Stazione) dotata (grazie ad un accordo con i Romulani) di sistema di occultamento (Da usare solo nel Quadrante Gamma).
Comandante Benjamin Sisko (Terrestre).
Ancora scosso per la morte della Moglie Jennifer nella battaglia avvenuta a Wolf 359, a Sisko viene affidato l'incarico di comandante di "Deep Space Nine". L'uomo non è molto contento e dimostra di avere ancora del forte astio verso un Picard reo secondo lui di aver ucciso sua moglie. Saranno le entità del tunnel spaziale a fargli cambiare idea e farlo tornare ad amare la vita. (Verrà, durante la guerra, promosso Capitano).
Maggiore Kira Neris (Bajoriana).
Durante il periodo di occupazione cardassiana, Kira faceva parte della ribellione. Ora che l'occupazione è finita, il governo provvisorio l'ha incaricata di collaborare con la Federazione nell'Amministrazione di "Deep Space Nine". All'inizio la donna non è molto contenta di questo incarico, ma poco dopo comincerà ad apprezatre i Federali con cui lavora. (Verrà successivamente promossa a Colonnello).
Tenente Jadzia Dax (Trill/Simbionte).
Questa giovane nonna, è in realtà uno dei migliori ufficiali della Federazione. E' molto amica di Sisko, dato che uno dei precedenti ospiti della bella Jadzia era Curzon (Dax). Un uomo con cui Sisko ha vissuto una grande amicizia). All'inizio ci sarà un pò di imbarazzo dato che Sisko è un pò frenato dall'aspetto che ha ora Dax. Jadzia successivamente si sposerà con Worf, ma poco dopo verrà uccisa da Gul Dukat, possuduto dai "Prah Wrath" (DS9 "Thears of the prophets" sesta stagione)
Tenente Julian Bashir (Terrestre).
Bashir, nonostante la sua giovane età è uno dei più bravi medici della Flotta. La sua mente è stata alterata quando era giovane, durante un esperimento condotto per la Federazione in cui alcuni ragazzi, venivano alterati geneticamente. Julian sarà subito attratto dalla Bella Jadzia, ma lei lo rifiuterà più volte. Rimarranno comunque amici.
Capo Miles O'Brien (Terrestre).
O'Brien viene dal precedente incarico a bordo della U.S.S. Enterprise-D. Sulla nave si occupava del teletrasporto, ma qui, sulla stazione i suoi compiti sono più importanti dato che è al comando degli ingegneri di DS9. L'uomo si è portato con se sua moglie Keiko e sua figlia Molly.
I litigi con la moglie per via di questo incarico saranno all'ordine del giorno e Keiko prima torna sulla terra, poi si trasferisce per molto tempo sulla superficie di Bajor.
Odo (Mutaforma).
Qui sulla stazione si occuperà della sicurezza. Appartiene alla razza dei mutaforma, che la Federazione non conosce, ma ben presto comincerà a temere. Odo è famoso per la sua capacità di mutare forma in qualsiasi cosa, può diventare un bicchiere, un topo, ecc. Questa sua capacità lo rende un'ottimo investigatore, e il suo ruolo nella sicurezza della stazione spaziale sarà di grande importanza. Odo e molto amico di Kira e più avanti si scoprirà che la ama. Quando la Federazione scoprirà chi è che stà veramente dietro ai Jem'Hadar, lo guarderà con sospetto, ma la sua fedeltà non verrà mai meno, aiutanto anche gli uomini di "Deep Space Nine" a definire strategia per la sicurezza della stazione.
Worf (Klingon)
Arriva anch'esso dall'ormai distrutta Enterprise-D. Qui su "Deep Space Nine" si stabilirà (per vivere) a bordo della "Defiant". Il suo incarico sulla stazione è quello di esperto tattico, e la sua presenza sarà molto importante durante la quasi guerra con l'impero Klingon e il successivo insediamento di una presenza Klingon sulla Stazione Spaziale. Worf successivamente si sposerà con Jadzia Dax.
Quark (Ferengi).
Quark gestisce il bar della stazione. Situato sulla passeggiata, è un luogo di incontri non sempre "legali". Durante una missione nel quadrante Gamma, per un accordo commerciale, viene a conoscienza del dominio, ma nessuno poteva immaginarsi che un giorno ci sarebbe stata la guerra. Quark ha un cugino "Rom", che lavora nel suo bar come "sguattero". Rom comunque più avanti deciderà di andarsene. Quark ha anche una madre che successivamente diventerà l'amante segreta del Grande Nagus.
Jake Sisko (Terrestre).
Jake è il giovane figlio di Benjamin Sisko. Subito sulla stazione instaura un rapporto con Nog, un ferengi (il figlio di Rom). I due diventeranno grandi amici e staranno sempre insieme, fino a quando Nog andrà all'accademia. Jake da grande vorrebbe diventare uno scrittore.
Nog (Ferengi).Grande amico di Jake, presto lo lascerà per unirsi con la Federazione inscrivendosi all'accademia, diventando così il primo Ferengi ad iscriversi nella flotta Stellare. Nog successivamente verrà promosso con uno dei voti più alti. Durante una missione nel quadrante Gamma, con una task force della federazione, Nog perderà una gamba.
Gul Dukat (Cardassiano).
Cardassiano a capo dell'amministrazione dell'ex Terok nor. Dukat rimpiange di non aver più il comando della Stazione e per questo invidia Sisko. I due collaboreranno in varie missioni, fino all'allenza di Cardassia con il Dominio. Dukan in un futuro sarà impossessato dai "Prah Wrath" e ucciderà Jadzia.
Ezri Dax (Trill/Simbionte).
Ezri sarà la nuova ospide del simbionte Dax, precedentemente innestato nel corpo della ormai defunta Jadzia. All'inizio l'imbarazzo con i suoi ex-compagni sarà molto visibile e Worf, abbirittura la allontana perche il solo guardarla gli ricorda che sua moglie non c'è più. Ci vorrà comunque poco tempo prima che comincie ad essere apprezzata.