Il capitano di una nave stellare assume in sé il potere decisionale ed esecutivo del vascello stesso, e si fa onere della responsabilità unica per la sicurezza della nave, del suo equipaggio e per il completamento della missione. Oltre a supervisionare lo svolgimento delle operazioni giornaliere a bordo del vascello e ad assicurarsi che esso svolga le sue funzioni nella maniera migliore possibile, il capitano è responsabile dell'interpretazione e dell'applicazione delle direttive federali in merito alle questioni legali e diplomatiche. Di conseguenza, l'ufficiale comandante di un vascello federale può essere chiamato a rispondere delle sue azioni e delle azioni del ogni singolo membro del suo equipaggio.
Innanzitutto, è logico iniziare questa trattazione ponendosi una domanda fondamentale riguardo il ruolo dell'ufficiale comandante: perché un solo capitano?
Mi spiego meglio: perché affidare ad una sola persona un potere così vasto, mentre sappiamo che uno dei principi della Federazione, e uno dei suoi motori primari di sviluppo sociale, è la condivisione del potere, contrapposto all'accentramento tipico dei regimi dittatoriali? Di conseguenza, non sarebbe più logico affidare il comando di una nave stellare ad un comitato composto da più persone, invece che ad un singolo uomo, con tutte le sue limitazioni?
Sfortunatamente, quello che è valido in linea teorica non è detto che abbia lo stesso valore anche in campo pratico, soprattutto quando entrano in gioco termini dell'equazione come efficienza e rapidità.
Con tutta probabilità, un comitato composto da persone competenti che abbia il tempo discutere in maniera esaustiva di un dato problema ha più possibilità di giungere alla sua più logica soluzione di un singolo che, per sua natura, è fallibile e imperfetto. Il problema fondamentale a bordo di una nave stellare è che non sempre (anzi, per la verità quasi mai) si ha il tempo di portare a termine una discussione esaustiva riguardo un qualsiasi problema: la situazione spesso impone una scelta rapida e definitiva, e qualsiasi temporeggiamento potrebbe significare la disfatta. Al contrario, la scelta di affidare il potere ad una sola persona permette invece la massima rapidità decisionale nei momenti critici, e la massima flessibilità nelle situazioni di stallo, anche se investire di tale potere una sola persona comporta ovviamente una certa dose di rischio.
Sommando queste due diverse tensioni dinamiche (individuazione della soluzione migliore e rapidità nell'esecuzione della stessa), si ottiene che la miglior gestione del comando avviene quando le decisioni vengono prese da una sola persona, ma solo nel caso in cui questa sia aperta ad ascoltare i consigli di un gruppo di persone che possano mostrargli alternative alle quali il capitano da solo non avrebbe pensato. Spetta infatti al capitano decidere quali situazioni necessitano di una scelta rapida e univoca e quali invece possono essere trattate con calma e discusse in sede di riunione. Il capitano ha infatti la possibilità, pur rimanendo l'unico responsabile delle azioni della sua nave, di circondarsi di un comitato competente formato dai propri capi sezione (e da qualunque altro ufficiale a bordo della nave che abbia competenze specifiche), ed è suo dovere prestare orecchio ai suggerimenti esposti da tale comitato, a patto naturalmente che la situazione lo permetta.
Abbiamo visto nella parte relativa a 'Definizione e funzioni' che il capitano è responsabile per le azioni di ciascun membro del suo equipaggio. In base a questo principio, il Comando è solito lasciare al capitano ampia libertà nella scelta dei propri ufficiali, almeno per quanto riguarda i capi sezione e lo staff anziano, dal momento che in futuro l'ufficiale comandante dovrà rispondere di persona delle azioni di tali ufficiali. Di norma, il Comando accetta qualsiasi suggerimento da parte dell'ufficiale comandante, a meno di considerazioni particolari sulla missione o sulla situazione.
Al contrario, come cita l'Ordine Generale 26: "Nessun membro dell'equipaggio di un'unità della Flotta Stellare può essere considerato responsabile per le azioni dei suoi superiori. Di conseguenza, nessun membro dell'equipaggio o altro personale della Flotta Stellare dividerà le misure disciplinari prese contro il proprio Ufficiale Comandante se detto individuo non è direttamente coinvolto nelle azioni che hanno condotto a tale misure disciplinare."
Ne consegue quindi che, nella Flotta Stellare, il gradiente di responsabilità è monotòno e ascendente.
Un capitano ha la responsabilità di anteporre la salvezza del proprio equipaggio a quella dei singoli membri. Ciò significa che in qualunque momento un ufficiale comandante può e deve ordinare ai propri sottoposti di eseguire un compito che possa comportare la loro morte se questo è assolutamente necessario per la salvezza del resto dell'equipaggio o il completamento della missione. Questa è una delle parti più difficili del compito di un capitano, ma in talune situazioni il capitano deve prendere le proprie decisioni senza tenere conto della propria sensibilità e dei propri sentimenti personali ma basandosi unicamente sul principio di massima efficienza.
Secondariamente, il capitano ha il dovere di anteporre la vita e la sicurezza del proprio equipaggio a quella delle attrezzature della Flotta Stellare, nave compresa. Questo regolamento è connaturato alla direttiva della Flotta Stellare di preservare ogni forma di vita con qualsiasi mezzo possibile a meno che non sia assolutamente necessario. Sancisce inoltre senza ombra di dubbio che la prima risorsa della Flotta sono i suoi ufficiali e non le sue attrezzature, che in tutte le situazioni in cui un ufficiale comandante debba scegliere tra la sua nave e il suo equipaggio, la vita degli ufficiali deve essere considerata sacra. Allo stesso modo, la Flotta non riconosce al capitano il diritto di "affondare con la propria nave", affinché il bagaglio di esperienze accumulato da un ufficiale comandante non vada perduto.
Un capitano può essere stato formato nelle più diverse sezioni. La maggior parte degli ufficiali comandanti proviene naturalmente dalla sezione Comando (che include ufficiali amministrativi, specialisti legali e diplomatici, e esperti nella gestione del personale), ma vi sono numerosi capitani che provengono dalla sezione Scientifica, dall'Ingegneria, dalla Sicurezza o dalla Medicina.
Questo significa che ogni capitano ha conoscenze e specializzazioni diverse, ma tutti quanti hanno una cosa in comune: hanno sentito il bisogno di caricare su di sé la responsabilità di prendere le decisioni senza più dipendere dal giudizio dei superiori. Questa scelta, questa "vocazione", come potrebbero chiamarla gli umani, può sorgere per i più diversi motivi, ed è molto importante che venga vagliata con estrema attenzione, dal momento che una volta in servizio un capitano non è più solo rappresentate di se stesso, ma della Flotta Stellare e dell'intera Federazione, e le sue azioni possono influenzare in maniera determinante lo sviluppo, il benessere e la storia di milioni di persone.