Stanchi di questo stato di cose, i Cesenati ricorsero al papa Alessandro VI Borgia. Egli inviò nella nostra città il figlio Cesare Borgia, detto duca Valentino. Egli al suo primo ingresso in città nel 1500 fu accolto tumultosamente poi ritornò una seconda volta fra l'acclamazione dei cittadini, che nutrivano la speranza di un ritorno alla pace. Per pacificare la città, Cesare Borgia, intervenne con mano pesante: allontanò da sè il suo sostenitore, Polidoro Tiberti e fece decapitare un Martinelli. Assunse poi il titolo duca di Romagna. Il Borgia, impegnato nelle sue operazioni di guerra fu di rado a Cesena: e governava la città attraverso i suoi rappresentanti. Cesare Borgia fu ben visto dal popolo sia per i suoi metodi di governo sia per le feste che indiceva, forse anche perchè aveva avuto l'accortezza di diminuire le tasse quando era salito al potere.