La colite pseudomembranosa è causata da Clostridium difficile il quale produce due enterotossine (A e B).  La tossina A prodotta dal Clostridium difficile si lega alle cellule epiteliali all’interno dell’intestino causando la loro distruzione. Questa distruzione è il passo cruciale che porta allo sviluppo della diarrea acquosa e la conseguente disidratazione può determinare l'insorgenza di un megacolon tossico che può condurre all'exitus. A seguito di ciò la potente citotossina B può avere accesso ai tessuti sottostanti causando in questi ulteriori danni. Vari oligosaccaridi sintetici si legano alla tossina A, neutralizzandola. E’ stato dimostrato che questi neutralizzano la tossina A in campioni di feci, ed essi potrebbero servire come potenziale terapia nella diarrea da Clostridium difficile. La colonscopia conferma la diagnosi, permettendo di visualizzare placche giallastre ricoperte da pseudomembrane. Il trattamento consiste nella sospensione della somministrazione della lincosamide e nell'utilizzo di antibiotici attivi sul Clostridium difficile quali vancomicina o teicoplanina per via orale, metronidazolo, bacitracina, ed eventualmente acido fusidico associati ad una resina a scambio ionico (colestiramina) per la fissazione della tossina. Si possono verificare, alcune volte, ricadute dopo la sospensione del trattamento (Tedesco, 1974).