La struttura logica fa riferimento all'organizzazione delle parti di un documento: in altre parole, indica il modo in cui viene creato un documento in contrapposizione al contenuto del documento stesso.

Un documento XML è costituito da dichiarazioni, elementi, istruzioni di elaborazione e commenti. Alcuni componenti sono opzionali, altri sono necessari.

PROLOGO

Il primo elemento strutturale di un documento XML è un prologo opzionale, costituito da due componenti principali anch'essi opzionali: la dichiarazione XML e la dichiarazione del tipo di documento.

DICHIARAZIONE XML La dichiarazione XML identifica la versione delle specifiche XML a cui è conforme il documento. Sebbene la dichiarazione XML sia un elemento opzionale, deve sempre essere inserita in documento XML. Il documento inizia con una dichiarazione XML di base:

<?xml version="1.0"?>

Una dichiarazione XML può inoltre contenere una dichiarazione di codifica (encoding) e una dichiarazione di documento autonomo (standalone). La dichiarazione di codifica identifica lo schema di codifica dei caratteri, ad esempio UTF-8 o EUC-JP. Schemi di codifica diversi assegnano formati di caratteri o linguaggi diversi. La dichiarazione di documento autonomo identifica l'esistenza delle dichiarazioni di markup esterne al documento. Questo tipo di dichiarazione può assumere valore yes o no.

DICHIARAZIONE DEL TIPO DI DOCUMENTO La dichiarazione del tipo di documento è costituita da codice di markup che indica le regole grammaticali o la definizione del tipo di documento DTD per una particolare classe di documenti. Questa dichiarazione può anche essere diretta a un file esterno che contiene tutta o parte della DTD e deve essere visualizzata dopo la dichiarazione XML e prima dell'elemento Document. Queste stringhe di codice aggiungono una dichiarazione del tipo di documento all'esempio:

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE Wildflowers SYSTEM "Wldflr.dtd">

L'ELEMENTO DOCUMENT

L'elemento Document contiene tutti i dati di un documento XML inclusi tutti i sottoelementi nidificati e le entità esterne. Può essere considerato simile all'unità C: del computer. Tutti i dati del computer sono memorizzati in questa singola unità in cui le cartelle e le sottocartelle contengono le singole parti di dati in una struttura logica e di semplice gestione. Queste stringhe di codice aggiungono un elemento Document, in questo caso l'elemento Plant all'esempio:

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE Wildflowers SYSTEM "Wldflr.dtd">

<PLANT>
 <COMMON>Columbine</COMMON>
 <BOTANICAL>Aquilegia canadensis</BOTANICAL>
</PLANT>

La nidificazione è il processo che consente di incorporare un oggetto o un costrutto l'uno all'interno dell'altro. Un documento XML può ad esempio contenere elementi nidificati e altri documenti. Ogni elemento secondario, cioè un elemento diverso dall'elemento Document risiede interamente all'interno del relativo elemento principale, così :

<DOCUMENT>
	<PARENT1>
  		<CHILD1></CHILD1>
  		<CHILD2></CHILD2>
	</PARENT1>
</DOCUMENT>