Originariamente si trattava di una serie di baraccamenti per un campo di lavoro che fu poi abbandonato e trasformato in casermaggio. In seguito, nel 1941, vennero alloggiati qui dei prigionieri di guerra russi, che furono decimati da una terribile epidemia di tifo. Nel 1943 Bergen Belsen divenne un vero Lager, con l'avvento delle SS che inquadravano circa 500 deportati trasferiti da Natzwiller Struthof e da Buchenwald. Poi anche questi furono sostituiti da altri deportati inadatti al lavoro, che venivano lasciati morire di fame. Con l'occupazione dell'Ungheria nel 1944 furono rinchiusi qui un migliaio di ebrei ungheresi, che avevano parenti benestanti all'estero, con l'idea di barattarli con prigionieri di guerra tedeschi che si trovavano nelle mani degli alleati. Ma sembra che il progetto non abbia mai avuto seguito. Nel frattempo, data la situazione militare, da altri Lager vennero fatti affluire a Bergen Belsen trasporti sempre più frequenti di deportati - soprattutto donne - che vi arrivavano in condizioni indescrivibili. Fu necessario alloggiarle provvisoriamente in grandi tende che furono poi progressivamente sostituite da baracche di legno. Le condizioni igieniche e di convivenza erano insostenibili, soprattutto quando scoppiò ancora una volta un'epidemia di tifo, che non si riusciva a controllare. Dal febbraio 1945 al marzo dello stesso anno morirono 25.165 delle 63.520 deportate; altre 19.000 non erano più in condizioni d'essere salvate neppure dopo la liberazione del campo, avvenuta il 15 aprile 1945. A Bergen Belsen fu deportata e morì pochi giorni prima della liberazione anche Anna Frank, autrice del famoso Diario.