Questa storia comincia nella casa della famiglia Darling... E' sera, e mamma e papà stanno preparandosi per una festa fuori casa. Intanto i bambini giocano nella loro camera: Il piccolo Michele fa la parte di Peter Pan, mentre Gianni, è il terribile Capitan Uncino. "Arrenditi!" esclama Michele. "Mai. Devo vendicare la mano che mi hai tagliato!" risponde Gianni. Poco dopo, papà Darling scopre che la sua camicia è stata trasformata in una mappa. Così si arrabbia con Wendy, la figlia maggiore, che racconta sempre ai fratelli le avventure di Peter Pan. Poi vede Nana, il vecchio cane di famiglia, e se la prende anche con lei. Ma quella di Peter Pan non è una favola. Qualche giorno prima era venuto ad ascoltare i racconti di Wendy. Nana era riuscita ad afferrare la sua ombra e ora Peter è tornato per cercarla.
La fatina Trilli, sua inseparabile amica, gli indica che è nascosta nel cassetto. L'ombra non vuole saperne di tornare al suo padrone. Per acciuffarla, Peter fa un gran baccano e Wendy si sveglia. "Peter! Oh Peter, sapevo che saresti tornato!" esclama la ragazzina. Mentre gli ricuce l'ombra, Wendy racconta a Peter che lei non potrà più continuare a dormire nella camera dei bambini. "Da domani dovrò crescere!" Allora Peter decide: porterà la ragazzina nell'isola che non c'è, il magico luogo dove non si diventa mai grandi. Nel frattempo anche Gianni e Michele si svegliano: Sono entusiasti di partire per l'isola che non c'è.
C'è un piccolo problema, però: i bambini non sanno volare ma basta una spruzzatina di polvere di fata e... via! I quattro amici si alzano in volo nel cielo di Londra.
Peter Pan fa strada: "La seconda stella, poi si volta e... via, sempre dritto!" Ben presto, Peter Pan e i bambini giungono in vista dell'isola che non c'è. Sotto di loro cominciano a vedere la Laguna delle Sirene, l'accampamento indiano e... il vascello di Capitan Uncino. A bordo della nave pirata si sente un ticchettio. E' il solito coccodrillo, che, insieme con la mano di Capitan Uncino, ha divorato una sveglia. Il nostromo Spugna lo scaccia, mentre Capitan Uncino trema di paura. Purtroppo i nostri eroi non passano inosservati. Una grossa palla di cannone sparata dal vascello sfiora i bambini. "Trilli, conduci i ragazzi al sicuro! A Capitan Uncino provvedo io!" grida Peter. Ma Trilli vola via con aria seccata e scompare nel folto della foresta. Non vuole più vedere la ragazzina di cui è gelosa. La fatina raggiunge il rifugio segreto di Peter Pan dove sono nascosti i Bimbi Sperduti.
Trilli li sveglia e fa capir loro che Peter ha ordinato di abbattare un feroce uccello di nome Wendy. Presa a sassate dai Bimbi Sperduti, Wendy non riesce più a volare e precipita. Ma Peter Pan la afferra e la depone dolcemente a terra. "Trilli ha detto che era un uccello... e che tu avevi ordinato di spararle!" spiegano i Bimbi Sperduti. Peter è furioso con la fatina: "Trilli sei colpevole di alto tradimento! Devi andartene per sempre dal mio regno!" Ma Wendy, impietosita, ottiene che stia lontana una settimana.Mentre Peter e Wendy volano alla Laguna delle Sirene, Michele e Gianni vanno in esplorazione con i Bimbi Sperduti. D'un tratto, vedono delle orme: "Gli indiani! Guardate, Piedi Neri!" Gli indiani attaccano di sorpresa, catturano i bambini e li legano per portarli all'accampamento. Gianni è convinto che sia tutta colpa sua. Di solito gli indiani catturano i bambini solo per gioco. Ma questa volta no. Il capo Toro in Piedi chiede minaccioso: "Dove nascondere voi Giglio Tigrato?" I bambini rispondono di non saperne niente. "Menzogna! Se per il tramonto mia figlia non tornare io scotennare tutti voi!" Intanto Peter mostra a Wendy la Laguna delle Sirene. Le bellissime creature fanno una gran festa a Peter. Ma quando si accorgono di Wendy, ingelosite le fanno i dispetti. Peter Pan corre in aiuto della sua amica e, proprio allora, arriva Capitan Uncino.
Peter e Wendy spiano il Capitano e Spugna. "Hanno catturato Giglio Tigrato!" esclama Peter. Infatti, i due pirati, arrivati vicino alla Roccia del Teschio su una barca, hanno legato la principessa a uno scoglio. Capitan Uncino sta minacciando Giglio Tigrato. "Voi mi dite dove si nasconde Peter Pan e io vi rimando da vostro padre. Fra poco arriva l'alta marea e allora non potrete più parlare!" Ma la principessa si rifiuta di rispondere. All'improvviso, Peter Pan balza fuori e sfida Capitan Uncino. Il pirata sguaina la spada e cerca di colpirlo, ma Peter è troppo agile per lui: schiva facilmente i suoi colpi prendendolo in giro. Alla fine, il pirata cade nel vuoto rimanendo appeso con l'uncino a una roccia. Sotto di lui, ecco aprirsi la bocca del coccodrillo che già pregusta il suo pranzetto! Intanto Giglio Tigrato sta per annegare. Mentre Capitan Uncino sfugge ancora una volta al terribile coccodrillo, Peter Pan riesce a salvare la principessa. Il nostro eroe vola via con la fanciulla fra le braccia. Toro in Piedi è colmo di gioia nel rivedere la figlia. Liberati i prigionieri, regala a Peter un copricapo di piume e gli dà il nome di Aquila Volante facendolo diventare un indiano onorario.

Nel frattempo Trilli se ne sta tutta sola. E' triste e pensierosa perchè è stata scacciata e non sa che Spugna sta per catturarla. Improvvisamente si ritrova al buio imprigionata nel berretto di Spugna. Uncino ha intenzione di servirsi della gelosia della fatina verso Wendy per convincerla a svelare il segreto del nascondiglio di Peter Pan. Capitan Uncino chiede a Trilli di aiutarlo a rapire Wendy e, per convincerla le promette che non alzerà un dito su Peter Pan. La fatina cade nella trappola e spiega che Wendy si trova nel rifugio di Peter, nell'Albero dell'Impiccato. Intanto finita la festa al campo indiano, i Bimbi Sperduti sono tornati al nascondiglio. Seduti vicino a Wendy, le chiedono che cosa è una mamma. Così la ragazzina spiega: "Una mamma, una vera mamma è la cosa più bella che ci sia al mondo!"Le parole di Wendy fanno venire voglia di tornare a casa a tutti i bambini, facendo così infuriare Peter. Appena i bambini escono dal nascondiglio, trovano ad attenderli i pirati. Wendy è l'ultima a uscire. Piena di incertezza e dispiaciuta per Peter Pan, si affaccia dall'Albero dell'Impiccato e... vede che tutti i bambini sono stati catturati. "E adesso, occupiamoci di messer Peter Pan!" esclama Capitan Uncino, prendendo un grosso pacco. Spugna preferirebbe attaccare direttamente il ragazzo, ma il capitano spiega: "Ho dato la mia parola di non alzare dito, o uncino, su Peter Pan.

E Capitan Uncino mantiene sempre la sua parola!" Così dicendo, cala il pacco nell'Albero. Più tardi sulla nave, annuncia ai prigionieri che saranno salvi se diventeranno pirati. I bambini sono tentati di accettare, ma Wendy, sicura che Peter li salverà, li rimprovera e rifiuta l'offerta a nome di tutti. "Abbiamo lasciato un ricordino per Peter!" spiega il feroce capitano a Wendy "Un piccolo ingegnoso ordigno, congegnato in modo che quando l'orologio farà così..." interviene Spugna indicando le ore sei, "...verrà scaraventato via dall'isola per l'eternità," conclude il capitano. Anche Trilli ha sentito il perfido capitano e vuole avvisare Peter. Riesce a spaccare il vetro della lanterna dove il capitano l'ha rinchiusa e vola verso il rifugio. Deve arrivare prima delle sei! Trilli raggiunge Peter proprio mentre sta aprendo il pacco. Il ragazzo non vuole cedere quel dono, sul quale il capitano ha lasciato un falso biglietto firmato con il nome di Wendy. Ma la fatina glielo toglie dalle mani appena in tempo prima che esploda. Sulla nave, i bambini sentono l'esplosione e guardano spaventati in direzione del loro nascondiglio. "A noi, ora! Cosa scegliete: l'ingaggio o il grande viaggio?" chiede Capitan Uncino. Wendy risponde a nome di tutti: "Non saremo mai dei vostri!" e si avvia a testa alta sulla passerella... I pirati sono nervosi perchè non hanno sentito il tonfo della ragazza nell'acqua.

La ragazza è in salvo tra le braccia di Peter, che l'ha presa al volo mentre stava per finire in mare. Peter vola sul pennone della nave, lasciando di stucco il capitano e i suoi pirati. "Dì le tue preghiere, Uncino!" grida Peter, dando inizio a uno spettacolare duello. Con un'agile mossa, libera tutti i bambini, che si arrampicano sulla coffa. Da lì respingono l'assalto dei pirati. A guidarli è Gianni, il loro comandante. Furioso, Capitan Uncino sfida Peter Pan a battersi senza volare. "Combatterò con te da uomo a uomo" afferma il ragazzo. Ma durante il duello si ritrova pericolosamente in bilico sul pennone della vela maestra! Per fortuna Peter riesce a mantenere l'equilibrio, e a disarmare Uncino. Sconfitto, il pirata lo implora di risparmiargli la vita. "Sia pure, se dichiari di essere un baccalà!" acconsente Peter. Il capitano obbedisce, poi cerca di colpire Peter a tradimento... Ma perde l'equilibrio e cade in mare, dove lo aspetta il coccodrillo! Capitan Uncino riemerge dalla bocca del coccodrillo e, strillando come un'aquila, chiede aiuto al nostromo. Spugna sta scappando con i pirati su una scialuppa, ma torna indietro per salvare il capitano. Mentre i bambini esultano per la vittoria, Wendy nomina Peter ammiraglio. Il ragazzo subito dà l'ordine di iniziare le manovre per salpare: "Destinazione Londra" dice . Peter chiede a Trilli di spruzzare sulla nave la polvere di fata. Così il vascello pirata, trasformandosi in un galeone dorato, si alza in volo nel cielo. Quando papà e mamma Darling tornano a casa, trovano il letto di Wendy vuoto. Sorpresi, vedono la ragazzina dormire vicino alla finestra. "Mammina, siamo tornati! Sai è stato davvero straordinario: Trilli, le sirene e... Peter Pan, il più straordinario di tutti!" racconta Wendy ai genitori stupiti. Ma poi papà, mamma e Wendy si affacciano alla finestra e vedono passare una misteriosa figura fatta di nuvole passare davanti alla luna. Il signor Darling commenta: "Ho la sensazione di averlo già visto, quel vascello... tanto tempo fa, quando ero bambino!"