Naruto è un cartone animato tratto dal fumetto manga realizzato da Masashi Kishimoto nel 1999, che in Giappone ha ottenuto un enorme successo, tanto da essere paragonato a quello di Dragon Ball. L'anime appartiene decisamente al genere Shonen (rivolto ai ragazzi) è composto da 120 episodi della durata di 25 minuti ciascuno ed è stato realizzato da Studio Pierrot in collaborazione con TV Tokyo per la regia di Hayato Date (lo stesso di Saiyuki).
Naruto è un ragazzo di circa 12 anni, che coltiva l'ambizioso sogno di diventare il più forte guerriero Ninja Hokage, dietro l'insegnamento del suo maestro Iruka. In realtà Naruto viene emarginato dal resto del villaggio, in quanto oltre ad essere un pò imbranato, viene guardato con diffidenza perchè al momento della sua nascita è stato invasato dallo spirito malvagio della volpe a nove code, che in passato ha causto la morte di molte persone all'interno del villaggio. Naruto non fa certo il possibile per rendersi simpatico, ed anzichè mostrarsi cordiale, combina scherzi di tutti i tipi per attirare l'attenzione su di se. Naruto apprende il suo triste segreto dal maestro Mizuki, che gli chiede di rubare il rotolo proibito dove sono custodite delle potentissime tecniche segrete di lotta. Naruto esegue il furto e in cambio ha l'insegnamento di alcune tecniche, prima fra tutte quella della moltiplicazione del corpo. Il suo maestro Iruka, mette in guardia Naruto da Mizuki, che vuole impossesarsi del rotolo. Naruto riconsegna il rotolo proibito, dietro suggerimento di Iruka e questi dopo averlo visto all'opera nella tecnica di moltiplicazione del corpo, lo promuove guerriero Ninja Genin. Naruto viene così inserito nel gruppo degli aspiranti Ninja e qui incontra Sakura e Sasuke che verranno allenati dal maestro Kakashi. Mentre Sakura è la ragazza della quale è follemente innamorato, Sasuke è un ragazzo molto antipatico, con il quale avrà degli accesi diverbi. Come prima prova dovranno cercare di rubare il campannellino dalle mani del maestro; avranno tempo un'ora e se non riusciranno nell'impresa verranno rispediti alla scuola. Kakashi ha una velocità impressionante e i tre ragazzi, pur mettendoci tutto l'impegno possibile, non riescono a superare la prima prova, pertanto il maestro invita Naruto, Sasuke e Sakura a ritirarsi, in quanto il loro errore più grande è stato quello di aver agito individualmente anzichè in squadra. Tuttavia Kakkashi dà un'ulteriore possibilità al gruppo e in questa prova Naruto dovrà stare in totale digiuno. Sakura e Sasuke, contravvenendo alle regole, danno parte del loro cibo a Naruto, ma il maestro per loro fortuna, li promuove perchè ritiene che sia importante anche non obbedire ciecamente agli ordini e mostrare solidarietà verso i compagni. Così Naruto, Sasuke e Sakura, verranno spediti in missione al villaggio delle onde per fare un pò di pratica. Il maestro Hokage gli affida la difficile missione di fare da guardia del corpo all'architetto Tazuna che dirige la costruzione di un ponte che collega il villaggio della foglia con il villaggio dell'onda. Vengono però attaccati da alcuni ninja che si nascondono nella nebbia e mentre Sasuke, riesce a sconfiggerli, Naruto ha qualche difficoltà. Anche se alla fine riescono a superare la prova, il ragazzo si sente ferito nell'orgoglio per essersi dimostrato inferiore al suo compagno di squadra. La prova successiva sarà ancora più difficile in quanto dovranno difendere Tazuna, anche dai ninja dei villaggi confinanti in quanto Gatoo, un suo potente avversario ha arruolato molti ninja per ucciderlo. Kakashi, nonostante la missione sia più complessa del dovuto, non si tira indietro. Il maestro Kakashi riconosce il primo ninja, si tratta di Zabuza e con lui inizia subito il combattimento, sfruttando la tecnica Sharingan, che ripete i movimenti dell'avversario. Zabuza rsponde con la tecnica del velo di nebbia, che consente di ridurre la visuale di Kakashi. Zabuza approfitta del disorientamento del suo avversario per affrontarlo nella lotta, ma i due si equivalgono, pertanto Zabuza ricorre alla tecnica della prigione acquatica. Naruto vedendo il suo maestro in difficoltà utilizza una tecnica che conosce bene: quella della moltiplicazione del corpo, così si nasconde a Zabuza, confuso da mille immagini di Naruto e si porta alle sue spalle liberando Kakkashi dalla prigione acquatica, con un Kunai. Kakashi con la tecnica Sharingan copia l'esplosione acquatica di Zabuza. Prima di sconfiggere definitivamente il suo avversario Zabuza viene ucciso da dei punteruoli che un misterioso ninja gli lancia sul collo, prima di fuggire portandolo con se. Kakashi sospetta che in realtà sia stato lo stesso Zabuza mascherato a colpire un'altra persona e a scappare, in quanto i punteruoli non hanno colpito dei punti vitali. Intanto fa la sua comparsa Inari, il nipotino di Tazuna, che cerca di dissuadere Kakashi e i suoi allievi dallo scontro con i ninja di Gatoo, in quanto sono troppo potenti. Naruto và fuori di se, ma poi si accorge dell'innocenza di quel bambino. In vista del prossimo scontro con Zabuza, Kakashi organizza un'allenamento sugli alberi dove insegna ad arrampicarsi senza le mani grazie alla tecnica chaka. La più brava si dimostra essere Sakura, mentre Naruto come al solito, ha qualche difficoltà. All'interno della casa di Tazuna, Sakura nota una foto strappata che riguarda Tazuna con sua figlia e Inari. Nella foto strappata manca Kaiza, l'eroe del villaggio delle onde, che salvò Inari dall'annegamento mentre cercava di salvare un cane. Kaiza in seguito adottò Inari, in quanto orfano. In seguito con l'arrivo nel villaggio delle onde del potentissimo Gatoo, Kaiza venne giustiziato pubblicamente. La mattina a Naruto mentre dormiva, appare uno strano bambino molto cordiale. Dopo una serie di allenamenti Kakashi, Sasuke e Sakura decidono di affrontare Zabuza, mentre lasciano Naruto a casa in quanto lo ritengono molto stanco, ma questi li raggiunge sul posto. Sasuke affronta Haku, lo strano bambino incontrato da Naruto che è in realtà un alleato di Zabuza, mentre Naruto impedisce il rapimento di Inari. Dopo una lunga lotta, Haku utilizza la tecnica degli specchi diabilici, che mette in difficoltà Sasuke, nonostante l'aiuto di Naruto. Intanto Kakashi deve vedersela con Zabuza, ma i due ninja si equivalgono. Quando Sasuke viene sconfitto da Haku e cade a terra privo di vita, Naruto urla dalla disperazione credendolo morto e sprigiona una forza inaspettata che sconfigge i suoi nemici.
Una volta superato questo esame dovranno sostenere quello per passare al livello di chunin. La prima prova scritta viene superata, ma la seconda ben più difficile, consiste nel sopravvivere per cinque giorni in una foresta allo scopo di raggiungere una torre. La difficilissima prova viene superata all'ultimo istante dai tre ragazzi che arrivano alla prova finale. Questa consiste in un torneo di combattimento fra i migliori genin del villaggio.
Infatti questa prova vede contrapporsi i genin rimasti in un vero e proprio torneo. Innanzitutto i svolgono i preliminari del torneo: Naruto e Sasuke passano alla fase finale, mentre Sakura pareggia e non passa. La prova finale vede contrapposti i migliori genin di tutti i villaggi: Naruto, Sasuke, Neji, Gaara, Temari, Kankuro, Dosu, Shino, Shikamaru. Solo chi dimostrerà di essere un vero ninja diventerà chunin, quindi non è indispensabile vincere.
Naruto batte Neji, Temari batte Shikamaru, Kankuro si ritira lasciando passare Shino, ma mentre Sasuke e Gaara stanno combattendo, succede l'inaspettato: il kazekage (kage del villaggio della sabbia) presente per assistere allo scontro in realtà è Orochimaru, un ninja che trama da anni una vendetta contro il villaggio della foglia. Il torneo viene temporaneamente sospeso, nel frattempo la lotta tra villaggio della sabbia e villaggio della foglia entra nel vivo. Il terzo hokage contro Orochimaru dà vita ad un duello altamente spettacolare, mentre Sasuke insegue Gaara, Temari e Kankuro, inseguiti a loro volta da Naruto, Sakura, Shikamaru, Pack e Shino.