Nell'anno 2199 la Terra viene attaccata da un nemico alieno, l'impero di Gamilon, che la vuole conquistare per trasferirvisi soppiantando completamente i terrestri.

Gli effetti sono devastanti dato che dopo pesanti sconfitte nelle battaglie spaziali i terrestri restano praticamente indifesi agli attacchi nemici che bombardano la Terra con enormi meteoriti radioattive.

L'intero pianeta diventa ben presto inabitabile i terrestri devono rifugiarsi in città sotterranee.
La radioattività aumenta sempre più e penetra in profondità minacciando di raggiungere entro un anno l’ultimo rifugio dell’umanità.

Restano infatti solo 365 giorni di vita quando da Iscandar, ottavo pianeta della costellazione di Orione, posto al entro della galassia e a 148'000 anni luce dalla Terra, giunge un messaggio di speranza da parte della Regina Starsha.

La regina infatti possiede il Cosmo DNA, dalla natura misteriosa ma in grado di eliminare completamente la radioattività, e riportare la Terra alle sue condizioni naturali, ed è disposta a regalarlo ai terrestri ma qualcuno deve andare a prenderlo sul suo pianeta e compiere così un viaggio complessivo di 296'000 anni luce.

Nessuna nave terrestre riuscirebbe a compiere un tale viaggio, meno che mai in quel poco tempo, ma nella capsula contenete il messaggio sono contenuti anche i piani per la costruzione di un Motore a onde in grado di compiere dei "balzi" spaziali che in pochi istanti permettono di compiere enormi distanze "curvando" lo spazio. Viene deciso quindi di realizzare il progetto applicando il motore al relitto di una vecchia nave della seconda guerra mondiale, la più grande corazzata ma i costruita, la mitica Yamato, che viene opportunamente modificata al viaggio spaziale e ribattezzata Argo.

Al comando dell'astronave c'è il Capitano Avatar (Juzo Okita) affiancato dal primo ufficiale Derek Wildstar (Susumu Kodai) ma ovviamente i Gamilonesi non sono intenzionati a rimanere a guardare e ostacolano in tutti i modi il viaggio di speranza dell'Argo.

E intanto i giorni continuano a passare.

Inutile dire che dopo mille battaglie e peripezie i Guerrieri delle stelle riescono a tornare sulla Terra e a salvarla, anche perchè se così non fosse non sarebbero possibili le seguenti due serie di Star Blazers.
Infatti la Corazzata Yamato è stata oggetto di ben tre serie consecutive, oltre che di ben 5 OAV, in cui gli stessi personaggi, più o meno, si trovavano per motivi diversi a compiere altrettanti incredibili viaggi.

La Seconda Serie vede infatti invertiti i ruoli, poichè sono i Guerrieri delle Stelle che ripartono per portare aiuto a Telesar, un lontano pianeta comandato dalla Regina Trelena, minacciato dall'Impero della Cometa che tenta di conquistarlo.
Ad un anno esatto dal ritorno dalla prima missione, giorno in cui morì il Capitano Avatar, l'Argo è di pattuglia quando si imbatte in una nave spaziale misteriosa e rapidissima.
Contemporaneamente un messaggio inizialmente incomprensibile giunge dalla Regina Trelena che comunica la minaccia di invasione del suo pianeta Telesar da parte di un popolo che vive e si muove nello spazio a bordo di un'enorme astronave-pianeta.
La minaccia in realtà riguarda anche la Terra e quindi l'Argo riparte sotto la guida di Derek Wilstar nonostante l'opposizione del Comando Supremo. E' solo grazie all'intercessione del Comandante Gideon che l'astronave ottiene di poter partire, e raggiungere dopo alcune battaglie il lontano Telesar.
Scoprono quì che il loro nemico è un intero popolo che vive su una cometa trasformata in enorme astronave da guerra, praticamente indistruttibile.
L'intera flotta terrestre scende in campo ma viene spazzata e lo stesso Comandante Gideon muore mentre l'Argo è ridotta a mal partito.
Lo stesso Desslock viene scoperto essere ancora vivo e al servizio dell’Impero, ma dopo varie battaglie si convince a passare dalla parte dei terrestri svelando loro il modo per distruggere l'enorme cometa.
In una battaglia disperata il pianeta-astronave viene distrutto, ma resta l'Argo ormai inerme di fronte all'astronave madre dell'Impero.
Derek e Nova tentano un attacco suicida quando appare l'immagine astrale della Regina Trelena che mette in fuga l'astronave nemica.

La Terza Serie infine inizia con un missile di origine ignota che colpisce il Sole, innescando reazioni a catena successive che lo porteranno ben presto a esplodere come una supernova.
I Guerrieri delle Stelle ripartono in cerca di un nuovo pianeta dove trasferire l’intera umanità, e si trovano ancora coinvolti in una guerra tra la Federazione di Polar e l’Impero di Galman che scoprono essere comandato da Desslock.

Dopo un iniziale sostegno a Polar l’Argo capisce che la Federazione, mira solo a conquistare l'egemonia sull'intera galassia con l'uso di armi terribili, e si trova inevitabilmente dalla parte di Desslock che invece vuole impedirlo.

Il Supremo inoltre offre il suo aiuto per una cura al Sole, che si rivela inutile, e per la ricerca di un nuovo pianeta., facendo involontariamente in modo che i Guerrieri delle Stelle conoscano Luda, antica regina di un mitico pianeta che aiutano ricevendo in cambio l’Hydro Cosmo Gen, il cui raggio è capace di curare il Sole.

Ma prima i Guerrieri delle Stelle dovranno sconfiggere assieme a Desslock il comune nemico che minaccia di distruggere la stessa Terra.