Nel 1984 ha giocato 4 incontri segnando 3 gol con l'under 16 e conta anche una convocazione con la rappresentativa under 21 nel 1987 che non lo vede però scendere in campo. È convocato dal CT Azeglio Vicini, in occasione del match del 16 novembre 1988 (1-0), nella gara amichevole organizzata in ricorrenza del 90º anniversario dell'istituzione della FIGC, partita in cui Baggio fornisce l'assist per il gol decisivo di Vialli al debutto in nazionale. Segna il suo primo gol in Nazionale il 22 aprile 1989, su calcio di punizione, nella partita amichevole contro l'Urugay (1-1) disputata a Verona. Nella partita amichevole contro la Bulgaria del 20 settembre 1989, segna il 500º gol realizzato in Italia dalla Nazionale (firma poi una doppietta nella medesima partita).