La badia di Fontana Taona fu abbandonata dai monaci Vallombrosani nella seconda metà del XIV secolo. Due secoli più tardi la badia, con tutti i suoi vasti possedimenti, fu assegnata in commenda da papa Pio V, intorno al 1570, alla famiglia Pazzi, come permuta di un feudo che quella deteneva nel Lazio. I beni della Badia a Taona, compresi quelli entro la città di Pistoia, sebbene formalmente in commenda, divennero proprietà privata dei Pazzi, dopo la morte dell’ultimo abate, Francesco, citato ancora attivo il 12 ottobre 1696. In questa commenda dunque, rientravano la Chiesa di Santo Stefano, la casa canonicale ed il terreno intorno e, probabilmente, le case sul lato nord della stessa via.