Un'antica tradizione cara alla cultura locale vuole che sia stato san Francesco a condurre i propri frati a Pistoia. In realtà la prima comunità francescana è documentata in città soltanto a partire dalla metà del XIII secolo. La piccola chiesa di S. Maria al Prato, insieme ad un dormitorio, un refettorio e un chiostro fu sufficiente per una quarantina d'anni alla locale comunità francescana. Quando i religiosi si fecero numerosi i padri chiesero al Comune il permesso di edificare una nuova chiesa e un convento più consoni alle loro necessità. S. Maria al Prato venne quindi demolita per far posto alla nuova S. Francesco, la cui prima pietra fu consacrata dal Vescovo Tommaso Andrei l'8 settembre del 1289. Sin dal momento della fondazione la chiesa crebbe lentamente ed il cantiere subì numerose battute d'arresto giungendo al suo completamento soltanto attorno alla metà del XIV secolo. Di semplice e nobile impianto, l'edificio ad una sola navata con cinque cappelle absidali, mostra le forme della matura architettura gotica. Lo slancio verticale del coro, unito alla nuda vastità dell'aula centrale, è infatti pienamente conforme ai dettami dello stile degli Ordini Mendicanti che di questa corrente artistica furono i maggiori esponenti.

Molte delle opere d'arte che per lungo tempo hanno arricchito la chiesa e il convento hanno trovato altra collocazione, come la duecentesca pala di san Francesco, recentemente attribuita a Coppo di Marcovaldo, oggi nel Museo Civico e la Madonna con Bambino e angeli di Pietro Lorenzetti oggi agli Uffizi. Sono comunque ancora presenti gli affreschi del Capitolo che, sebbene frammentari, testimoniano l'antico splendore del tempio francescano.  A documentare la vivacità della committenza francescana rimangono: il grande Crocifisso alla testata del transetto destro dipinto dal Maestro del 1310; le Storie di san Francesco sulle pareti della cappella maggiore affrescate da un artista molto vicino alla maniera bolognese e la Pietà sulla parete sinistra della navata dipinta da Bonaccorso di Cino. Queste opere si collocano nell'ambito delle più aggiornate correnti artistiche della prima metà del Trecento. Rivestono, inoltre, un altissimo interesse le imprese decorative promosse a partire dagli anni Ottanta del secolo XIV che lasciano testimonianza della particolare stagione pittorica dell'ultimo Trecento pistoiese. Dal confronto tra committenti illuminati e maestranze di alto livello nascono: la Cappella Bracciolini dipinta dall'ignoto Maestro che da essa prende il nome e la Sacrestia che vide all'opera Giovanni Cristiani e Antonio Vite. Esauritasi con la fine del Trecento la grande stagione del gotico italiano la chiesa dei francescani di Pistoia si avviò verso lunghi anni di decadenza. Le antiche pitture giunsero così inalterate sino agli albori del XVII secolo, quando il mutare del gusto indusse la committenza gentilizia ad erigere altari di famiglia alle pareti e i religiosi a coprire di bianco le pareti delle cappelle presbiterali. Ancora più oscure furono le sorti del convento poiché la comunità francescana incappò nelle soppressioni napoleoniche. Il convento e la chiesa furono per molti anni destinati ad altri usi sino al 1926, anno della celebrazione francescana, quando furono soggetti a radicali restauri e tornarono di proprietà dell'ordine.

Pietro Lorenzetti
Madonna in trono con Bambino e angeli
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