Quando nel 1496, dall’antico Monastero delle Francescane di S.Chiara del 1310, si volle costruirne uno più grande lungo la Via di porta Lucchese, fu dato l’incarico all’architetto pistoiese Ventura Vitoni, che fra il 1488 ed il 1499 architettò non solo il chiostro nuovo, ma anche la chiesa. Nei pennacchi della cupoletta si vedono affreschi fatti nel 1499 da Donnino ed Agnolo da Firenze.

Il Vescovo Scipione de’ Ricci destinò nel 1783 questo locale ed annessi come sede del Seminario Vescovile, spostando l’ordine delle suore Clarisse nella Chiesa di Santo Stefano. Affidò nel 1783 il riordinamento all’architetto fiorentino Gricci, la decorazione delle facciate esterne ed interne a Giovacchino Masselli di Firenze. Nel refettorio è collocata la bella Deposizione del Salvatore di G.M.Casini fiorentino [1594] che era prima all’altar maggiore dell’antica chiesa di S.Salvatore, oggi chiusa al culto.