Il prezioso edificio gotico che mantiene nella bicromia dell'esterno rapporti con la tradizione del romanico pistoiese è detto in corte per il legame con la longobarda curtis domini regis. Fu costruito nelle forme attuali poco oltre la metà del XIV secolo. Tuttavia l'impianto originario deve essere ricondotto ad un'epoca precedente visto che già ai primi del XII secolo è documentato un S.Giovanni antistante la Cattedrale. Dante nel XIX canto dell'Inferno (14-21) incontrando i simoniaci con le gambe conficcate entro dei fori ricavati nella livida pietra ricorda il bel San Giovanni dove fanciullo aveva ricevuto il battesimo: i fori ... non mi parean meno ampi né maggiori/ che quei che son nel mio bel San Giovanni/ fatti per loco deí battezzatori.

Il fonte battesimale di Pistoia, costruito nel 1226 da Lanfranco da Como, contrariamente a quello fiorentino del quale è comunque nota la forma quadrata con i pozzetti laterali, è giunto sino a noi; i versi di Dante ci indicano dunque la presumibile funzione dei pozzetti laterali che a quanto pare accoglievano il sacerdote officiante.
Le dimensioni dei pozzetti pistoiesi, 80 centimetri di profondità e 75 di diametro parrebbero, però, escludere una tale funzione e semmai suggerirne un'altra, si trattava forse di vasche per l'acqua lustrale? Dante così prosegue nella sua memoria: l'un delli quali ancor non è molt'anni/ rupp'io per un che dentro v'annegava. Il ricordo del Sommo Poeta, confermando l'uso dei pozzetti, suggerisce o una maggiore dimensione dei fori della vasca fiorentina rispetto a quelli del fonte di Pistoia adatti al più ad accogliere un bambino o più verosimilmente, nonostante le sicure analogie d'impianto, un altro uso.

Non ci sono prove certe che il battistero sia stato progettato da Andrea Pisano, nonostante l’autorevole opinione del Vasari. E’ però certo che vi abbia lavorato Cellino di Nese, a cui si deve il rivestimento marmoreo dell’esterno.