L'Orto non è solo interessante per le specie botaniche che accoglie ma anche per la piccola fauna selvatica che lo popola.
Infatti, anche a seguito della creazione di oltre dieci microambienti diversi che formano un mosaico di zone aperte con declivi erbosi inframmezzati da formazioni arbustive e lembi di boscaglie, si assiste ad un progressivo ripopolamento spontaneo di specie autoctone.

Tra gli Insetti è da evidenziare l'interessante popolazione di libellule che gravita attorno alle due zone umide ove si rinviene d'estate una decina di specie tra cui Calopteryx virgo, Lestes viridis, Orthetrum cancellatum, Anax parthenope e A.imperator, Sympetrum fonscolombei.
Notevole è la presenza di Charaxes jasius, una farfalla rara e irregolarmente distribuita, per lo più nel Levante ligure. La sua presenza nell'Orto è senz'altro collegabile all'esistenza di molti alberi di corbezzolo sui quali questa magnifica farfalla svolge il proprio ciclo larvale.

Nello stesso ambiente vive un piccolo nucleo di Rane esculente, Raganelle mediterranee e di Rospi, mentre tra i rettili è stata segnalata la presenza del Geco verrucoso.

Particolarmente varia è l'avifauna osservabile nel territorio dell'Orto. Tra gli uccelli nidificanti di maggior pregio naturalistico sono da menzionare la Magnanina (che si riproduce nell'arbusteto ad eriche), il Passero solitario (nella rupe sottostante), il Succiacapre e il Canapino (nelle boscaglie termofile circostanti l'area).
Nelle immediate vicinanze nidificano il Gheppio, lo Sparviere, la Tortora selvatica, la Gazza e lo Zigolo muciatto. Comuni e ben diffusi sono i Fringillidi con il Cardellino, il Verzellino e il Verdone, nonché il Fringuello.
Ma l'Orto offre altri e forse ancor più interessanti periodi nei quali osservare un'avifauna diversificata: in inverno ma soprattutto durante la migrazione autunnale e primaverile.
In queste situazioni può capitare di vedere nei comparti Prispoloni, Calandri, Stiaccini, Culbianchi, Sterpazzole, Beccafichi, Luì verdi e grossi, Balie nere in sosta migratoria e molte altre specie di solo transito tra cui, frequentemente, i Gruccioni.
Da sottolineare infine che, trovandosi l'Orto sulla rotta costiera percorsa da diverse specie di rapaci migratori, a maggio non è raro avvistare in cielo fitti stormi di Falchi pecchiaioli.